O mare parte din populația statului independent al Croației nu era croată, mai ales din cauza includerii Bosniei. Acesta avea populații semnificative de sârbi (aproximativ 19% din populația Croației la acea vreme, peste 30% din populația NDH), musulmani bosniaci (cel mai mare grup de populație din Bosnia la acea vreme și peste 10% din populația NDH), germani, maghiari și alții. Catolicii (în principal croații, germanii și maghiarele) constituiau puțin peste 50% din cele 6,3 milioane de locuitori. Mile Budak, politician și ministru al NDH - de asemenea, scriitor croat - a profitat imediat de ocazie pentru a-i proclama pe musulmani drept "frați" și a vrut să-i oblige să se convertească la creștinism. Mulți croați sunt de acord cu ideea că majoritatea musulmanilor bosniaci sunt de fapt croați care au fost convertiți la islam în timpul invaziei turcilor din secolul al XV-lea.
Mulți musulmani bosniaci au acceptat NDH (în multe cazuri au fost forțați să o accepte sub pedeapsa de a se converti la creștinism sau de a fi executați) și s-au implicat imediat. Cea mai infamă dintre diviziile islamice de Ustase a fost cea de-a 13-a Divizie de Munte Waffen a SS Handschar. În semn de respect pentru soldații de credință musulmană, a fost construită o moschee în Zagreb - capitala Croației - cunoscută sub numele de "Poglavnikova dzamija" sau Moscheea lui Poglavnik. În ciuda asigurărilor lui Pavelić privind egalitatea cu croații, mulți musulmani au devenit rapid nemulțumiți de regimul croat. Un lider musulman a raportat că niciun musulman nu a ocupat un post influent în administrație. Pe teritoriul NDH au izbucnit lupte crâncene între Ustaše, cetnici și partizanii iugoslavi. Unele unități de miliție Ustaše au fost convinse că musulmanii erau simpatizanți comuniști, le-au ars satele și au ucis mulți civili.
Ustase a adoptat aproape imediat legi rasiale care reflectau acceptarea ideologiei Germaniei naziste și a Italiei fasciste, punând accentul pe problemele naționale croate.
Primul "Ordin juridic pentru apărarea poporului și a statului", datat 17 aprilie 1941, a dispus pedeapsa cu moartea pentru "încălcarea onoarei și a intereselor vitale ale poporului croat și a supraviețuirii statului independent al Croației". Acesta a fost urmat la scurt timp de "Ordinul juridic al raselor" și de "Ordinul juridic de protecție a sângelui arian și a onoarei poporului croat" din 30 aprilie 1941, precum și de "Ordinul de creare și definire a comitetului politico-rasial" din 4 iunie 1941. Punerea în aplicare a acestor acte juridice s-a făcut nu numai prin intermediul instanțelor normale, ci și prin intermediul unor noi instanțe extrajudiciare, precum și al curților marțiale mobile cu jurisdicții extinse.
Închisorile obișnuite nu mai puteau susține numărul de noi deținuți, iar guvernul Ustaša a început să pregătească terenul pentru ceea ce avea să devină lagărul de concentrare Jasenovac în iulie 1941. În cele din urmă, regimul avea să formeze lagăre de concentrare în unsprezece locații diferite.
Ustașii au început să desfășoare o campanie deliberată de ucidere în masă, deportare și convertire religioasă forțată în încercarea de a-i elimina pe sârbi. Evreii și țiganii au fost expuși la anihilare totală, adică la campania de asasinate în masă și, în mai mică măsură, la deportare.
Lagărul de concentrare de la Jasenovac avea să devină locul unde au fost uciși până la o sută de mii de oameni (unii estimează că acest lagăr a fost al treilea cel mai mare lagăr din cel de-al Doilea Război Mondial). Numărul total al morților din Ustase este estimat la aproximativ 600.000 de persoane, dar toate înregistrările scrise au fost distruse pentru a se mușamaliza.
Starea de teroare permanentă, uciderea în masă, violarea femeilor și jefuirea proprietăților victimelor lor în statul independent al Croației i-a forțat, în primul rând, pe sârbi să se revolte. Potrivit rapoartelor Glaise von Horstenau, Hitler era supărat pe Pavelić, a cărui politică a inflamat rebeliunea din Croația - prin care Hitler a pierdut capacitatea de a angaja forțele Statului Independent al Croației pe Frontul de Est. Mai mult, Hitler a fost nevoit să își angajeze forțele în reprimarea rebeliunii. Din acest motiv, Hitler l-a convocat pe Pavelić la sediul său de război din Vinica (Ucraina) la 23 septembrie 1942. În consecință, Pavelić l-a înlocuit pe ministrul său al Forțelor Armate, Slavko Kvaternik, cu Jure Francetić, mai puțin zelos. Înainte de a se întâlni cu Hitler, pentru a liniști opinia publică, Pavelić a publicat "Anunțul important al guvernului" ("Važna obavijest Vlade") în care îi amenința pe cei care răspândeau știri "despre amenințări inexistente de dezarmare a unităților ustașe de către reprezentanții unei puteri străine, despre înlocuirea armatei croate cu o armată străină, despre posibilitatea ca o putere străină să preia puterea în Croația ...". (Hrvatski narod, 3 septembrie 1942.)
Hans Helm, numit șef al Gestapo-ului pentru Statul Independent al Croației, în raportul său confidențial - (sub titlul "Bazele pericolului partizanilor" - trimis generalului Kasche) din 14 ianuarie 1943, scria: "Cele mai multe rânduri de partizani provin din rândul sârbilor - datorită faptului că ei sunt cei mai ticăloși și mai persecutați în modul cel mai ticălos .... noul regim din Croația a început programele de anihilare și distrugere a sârbilor, care (programele) sunt susținute public de cele mai înalte grade ale guvernului croat, și (programele) adoptate ca principal obiectiv guvernamental. Faptul că din partea oficială a ustașilor - sub presiunea rebeliunii și datorită cursului evenimentelor - se vorbea chiar de o reconciliere - venea o discuție diferită, nu lasă nicio posibilitate de a compensa răul cauzat, de exemplu, de Dr. Mile Budak, actualul ministru (croat) la Berlin..." Generalul numit Horstenau a scris în raportul său: "Mișcarea ustașilor este, din cauza greșelilor și atrocităților pe care le-au făcut, precum și a corupției, atât de compromisă încât ramura executivă a guvernului (garda de casă și poliția) trebuie separată de guvern - chiar și cu prețul ruperii oricărei legături posibile cu guvernul ..."