Se știe că vulpile zburătoare din Australia sunt purtătoare a două infecții care pot reprezenta un risc grav pentru sănătatea umană - lyssavirusul liliacului australian și virusul hendra (Henipavirus). Aceste boli transmise de lilieci, unice în Queensland, se numără printre cei mai letali viruși din lumea occidentală. Deși rare, aceste boli continuă să îi mistifice pe profesioniștii din domeniul medical. Aceste boli transmise de lilieci sunt aproape întotdeauna fatale. Infecțiile umane cu aceste virusuri sunt, din fericire, foarte rare.
Virusul Hendra este un virus care infectează în principal megabaturile (lilieci mari de fructe sau "vulpi zburătoare") și care poate fi transmis la cai. La fel ca ebola și marburg, hendra este o febră hemoragică cu o mortalitate mare sau foarte mare (50-90%). Atât virusul ebola, cât și cel marburgic au fost asociate cu megabateri ca vectori infecțioși. Se crede că caii contractează virusul Hendra prin ingerarea de alimente sau apă contaminate cu fluide corporale și excremente de megabat infectate. Virusul poate fi mortal atât pentru oameni, cât și pentru cai. În cazul în care nu există manipulare sau contact fizic direct cu vulpile zburătoare, riscul pentru sănătatea publică este neglijabil.
Se știe că doar trei persoane au supraviețuit virusului Hendra transmis de lilieci. Până în prezent, mai mult de jumătate dintre persoanele care au contractat virusul Hendra au murit în decurs de șase săptămâni, însă nu au existat supraviețuitori ai unei a doua boli transmise de lilieci din Queensland. În 1994, lyssavirus - o rudă apropiată a virusului rabiei - a fost descoperit pentru prima dată la o vulpe zburătoare care prezenta simptome în apropiere de Ballina, NSW (care se află la granița cu Queensland). Lyssavirusul a ucis singurele trei persoane care l-au contractat vreodată.