Polifilia este un termen din cladistică. Acesta descrie un grup de organisme al căror ultim strămoș comun nu este un membru al grupului. Un alt mod de exprimare a acestui termen este de a spune că polifilia include grupuri ai căror membri descind din populații ancestrale.
Diagramele arată că păsările și mamiferele sunt într-adevăr înrudite, dar numai la nivelul amniotelor timpurii. În ceea ce privește evoluția, există o prăpastie imensă între ele.
Mai frecvent în taxonomia tradițională este de a include toți descendenții (de exemplu, mamiferele vii) fără grupul din care au evoluat (care ar fi o anumită cladă din therapsida). Acest lucru se face din comoditate; dar face ca mamiferele să fie polifiletice.
Clasificarea biologică urmărește să grupeze speciile astfel încât fiecare grup să fie descendent al unui singur strămoș comun. Un grup polifiletic poate fi "fixat" fie prin excluderea cladelor, fie prin adăugarea unui strămoș comun.
Conform cladisticii, scopul clasificării ar trebui să fie acela de a se asigura că toate grupurile sunt monofiletice. Cu toate acestea, alți taxonomiști susțin că există un loc valabil pentru grupurile care sunt parafilitice sau care conțin strămoșul comun cel mai recent, dar nu toți descendenții acelui strămoș.
