Charles Darwin (1809-1882) a fost primul care a realizat un arbore evolutiv al vieții. El a fost foarte precaut cu privire la posibilitatea de a reconstrui istoria vieții. În capitolul IV din lucrarea On the Origin of Species (1859), a prezentat o diagramă abstractă a unui arbore teoretic al vieții pentru speciile unui gen mare fără nume (a se vedea figura).
În propriile cuvinte ale lui Darwin: "Astfel, micile diferențe care disting varietățile aceleiași specii vor tinde să crească constant până când vor ajunge să egaleze diferențele mai mari dintre speciile aceluiași gen sau chiar dintre genuri diferite."
Acesta este un model de ramificare fără nume de specii, spre deosebire de arborele mai liniar pe care Ernst Haeckel l-a realizat ani mai târziu.
În rezumatul secțiunii revizuite în ediția a 6-a din 1872, Darwin își explică punctul de vedere cu privire la Arborele vieții:
Afinitățile tuturor ființelor din aceeași clasă au fost uneori reprezentate printr-un mare copac. Cred că această comparație spune în mare parte adevărul. Crengile verzi și înmugurite pot reprezenta speciile existente, iar cele produse în anii anteriori pot reprezenta lunga succesiune de specii dispărute...
Membrele împărțite în ramuri mari, iar acestea în ramuri mai mici și mai mici, au fost ele însele cândva, când copacul era tânăr, crenguțe înmugurite; și această legătură dintre mugurii anteriori și cei actuali prin ramuri ramificate poate reprezenta foarte bine clasificarea tuturor speciilor dispărute și vii în grupuri subordonate grupurilor.
Dintre numeroasele crenguțe care au înflorit când copacul era un simplu tufiș, doar două sau trei, devenite acum ramuri mari, supraviețuiesc totuși și poartă celelalte ramuri; la fel și în cazul speciilor care au trăit în perioade geologice de mult apuse, foarte puține au lăsat urmași vii și modificați. De la prima creștere a copacului, multe ramuri și crengi s-au descompus și au căzut; iar aceste ramuri căzute, de diferite mărimi, pot reprezenta acele ordine, familii și genuri întregi care acum nu mai au reprezentanți în viață și care ne sunt cunoscute doar în stare fosilă.
Așa cum vedem din când în când câte o ramură subțire și rătăcită care se desprinde dintr-o bifurcație de la o înălțime mică a unui copac și care, din întâmplare, a fost favorizată și este încă vie în vârful său, tot așa vedem ocazional un animal precum Ornithorhynchus (ornitorincul) sau Lepidosiren (peștele plămân din America de Sud), care, într-o mică măsură, leagă prin afinitățile sale două mari ramuri ale vieții și care, aparent, a fost salvat de o concurență fatală prin faptul că a locuit într-o stațiune protejată.
Așa cum mugurii dau naștere prin creștere unor muguri proaspeți, iar aceștia, dacă sunt viguroși, se ramifică și depășesc din toate părțile multe ramuri mai slabe, așa cred că s-a întâmplat, prin generație, cu marele Arbore al Vieții, care umple cu ramurile sale moarte și rupte scoarța pământului și acoperă suprafața cu ramificațiile sale mereu ramificate și frumoase.
