După atentat, Statele Unite au dat vina pe Al-Qaeda, pe care SUA o consideră un grup terorist. Președintele George W. Bush a declarat că va începe un "Război împotriva terorismului". El a vrut să spună că Statele Unite vor face mai multe lucruri pentru a încerca să oprească terorismul în viitor. Bush a spus că acest lucru era menit să protejeze americanii și proprietățile lor de teroriști. De exemplu, guvernul american va fi reorganizat. Securitatea și controlul în locurile publice au fost întărite, în special în aeroporturi. Americanii erau anunțați în fiecare zi dacă exista o amenințare serioasă de terorism. (Acest lucru se făcea prin atribuirea unei culori pentru ziua respectivă. Roșu însemna că exista un risc ridicat, verde însemna un risc scăzut, iar între acestea existau multe niveluri intermediare).
Războiul împotriva terorismului a dus, de asemenea, la războaie reale. Liderul Al-Qaeda, Osama bin Laden, a trăit în Emiratul Islamic din Afganistan. Statele Unite i-au spus guvernului afgan, numit taliban, să-l predea pe bin Laden. Talibanii nu au vrut să facă acest lucru. Liderul talibanilor, mollahul Muhammad Omar, a cerut să vadă dovezi din partea guvernului Statelor Unite. În cazul în care nu i se dădeau dovezi, mollahul Omar a spus că nu îl va preda pe bin Laden. Președintele George W. Bush a spus că nu este nevoie să prezinte dovezi. Statele Unite au intrat apoi în război împotriva Afganistanului. Talibanii au fost înlăturați de la putere, un nou guvern a fost pus la putere, iar un nou președinte a fost ales de către poporul afgan.
În timp ce se întâmpla acest lucru, guvernul Statelor Unite s-a schimbat în câteva moduri. Departamentul de Transport al Statelor Unite (DOT) a creat Administrația pentru Securitatea Transporturilor (TSA). Înainte de 11 septembrie 2001, securitatea în aeroporturile americane era asigurată de companiile aeriene. TSA a făcut ca guvernul să asigure securitatea aeroporturilor. Noi ofițeri au fost angajați de TSA pentru a lucra în aeroporturi și pentru a zbura în avioane ca polițiști aerieni. TSA asigură, de asemenea, securitatea în trenurile și metrourile americane. A fost creat, de asemenea, un nou Departament pentru Securitate Internă. Acesta a devenit sarcina lor de a proteja americanii și bunurile acestora în interiorul Statelor Unite. Când a fost creat acest departament, TSA a fost mutat de la DOT la Homeland Security.
După ce i-a învins pe talibani, președintele George W. Bush a considerat că SUA ar trebui să invadeze Irakul. El credea că Irakul a ajutat grupurile teroriste, inclusiv al-Qaeda. El a declarat că are dovezi că Irakul producea, de asemenea, arme de distrugere în masă. L-a trimis pe secretarul de stat Colin Powell la Națiunile Unite pentru a le arăta unele dintre aceste dovezi. În martie 2003, Statele Unite au început invazia Irakului. (Au mai participat și alte patru țări, printre care Regatul Unit, Australia, Polonia și Danemarca). Guvernul irakian a fost răsturnat, iar poporul irakian a ales un nou guvern. În Irak nu au fost găsite arme de distrugere în masă.
La 2 mai 2011, trupele SEAL ale Marinei Statelor Unite l-au ucis pe liderul al-Qaeda, Osama bin Laden, care a condus atacurile din 11 septembrie 2001 și alte tentative de terorism.