Istoria indigenă
Primii oameni care au locuit în zona Williamstown au fost clanul Yaluki-willam al poporului Kulin, un popor indigen australian. Aceștia trăiau și vânau de-a lungul coastei de la Werribee la Williamstown. Yalukit-willam făceau parte din Bunurong, un grup lingvistic format din șase clanuri de-a lungul coastei de la râul Werribee, până la Peninsula Mornington, Western Port Bay și Wilsons Promontory. Ei mâncau scoici, păsări, pești, pești, anghile, ouă, șerpi, canguri și oposumi care se găseau pe teritoriile lor. Ei numeau Williamstown, "koort-boork-boork", ("She-oak, She-oak, many"), însemnând "mulți stejari", un copac nativ. Șeful tribului Yalikut-willam la momentul sosirii primilor coloniști albi era Benbow. El a devenit ghidul lui John Batman, primul european care s-a stabilit în Melbourne.
Numărul indigenilor a scăzut rapid după 1835 din cauza unor boli precum tifosul. Din cauza rasismului și a pierderii terenurilor de vânătoare, le-a fost imposibil să își păstreze stilul de viață tradițional.
Explorare și colonizare
Primul european care a ajuns la Williamstown a fost locotenentul interimar Robbins, care a explorat Point Gellibrand în 1803. Gura râului Yarra a fost explorată mai târziu, în mai și iunie 1835, de către John Batman. Acesta a considerat că zona numită în prezent Melbourne ar fi un bun loc de stabilire. Amplasamentul din Williamstown a fost numit Port Harwood, după numele căpitanului uneia dintre navele sale.
În noiembrie 1835, căpitanul Robson Coltish, de pe corabia Norval, a plecat din Launceston cu o încărcătură de 500 de oi și 50 de vite Hereford. Căpitanul Coltish a ales zona cunoscută acum sub numele de Port Gellibrand, ca fiind un loc bun pentru a-și descărca încărcătura. În câteva săptămâni, multe nave au început să traverseze Strâmtoarea Bass. Datorită portului adăpostit, mulți oameni au decis să se stabilească în zona imediată.
Guvernatorul Richard Bourke și căpitanul William Lonsdale au vizitat noua așezare din Golful Port Phillip în 1837. Amândoi au crezut că așezarea principală va fi la gura de vărsare a râului. L-au redenumit William's Town, după numele regelui William al IV-lea. A fost primul port din Melbourne și portul pentru districtul Port Phillip până la sfârșitul secolului al XIX-lea.
William's Town a fost numit după rege, iar Melbourne a fost numit după premierul britanic Lord Melbourne. Acest lucru i-a făcut pe oameni să creadă că William's Town urma să fie capitala noii colonii. Primele străzi ale vechiului William's Town au fost trasate în 1837 cu acest gând. Dar lipsa apei dulci în William's Town a făcut necesară schimbarea centrului orașului în Melbourne, situat în interiorul țării.
Primele vânzări de terenuri au avut loc în 1837. Condamnații au construit un dig de piatră de 30 de metri în 1838. Acesta este locul unde se află acum Gem Pier. În același an a fost inițiat un serviciu de feribot între Melbourne și Williamstown. Vasul cu aburi "Fire Fly" a transportat pasageri, oi și vite din Tasmania. În 1839, Williamstown avea un dig și magazine guvernamentale construite de deținuți. Partea principală a orașului era centrată pe Nelson Place. Au fost construite aproximativ 100 de clădiri, inclusiv două hoteluri, Ship Inn și Woolpack. Primul cimitir din Victoria a fost înființat la Point Gellibrand.
Primul far, din lemn, cu o lampă cu ulei în vârf, a fost construit la Point Gellibrand în 1840. În același an, în Williamstown a fost numit un superintendent al poliției apelor (iar Williamstown este sediul actual al Poliției apelor din Victoria).
În 1841, recensământul a indicat că în Williamstown trăiau aproximativ 259 de persoane. Se crede că erau mult mai mulți. În 1841 existau trei hoteluri în Williamstown, iar majoritatea bărbaților lucrau în port. Fiind un port aglomerat, existau numeroase case de cazare și o populație în continuă schimbare. În anii 1842 și 1843 a existat o recesiune economică, iar populația din Williamstown a scăzut.
În 1842, sosirea navei Manilus a stârnit o adevărată frenezie în mica colonie. Patruzeci și cinci dintre cei 243 de pasageri ai vasului au murit de febră galbenă în timpul călătoriei de pe coastele Scoției. Bolnavii au fost duși într-o tabără de carantină construită rapid. Cei care au murit au fost îngropați într-un cimitir improvizat.
Tot în 1842, a fost înființată Școala Sfânta Maria (cea mai veche școală catolică din Victoria care funcționează continuu), într-o mică capelă din lemn cu acoperiș din șindrilă de lemn. Dl John Wilson a fost primul profesor/director. Cele mai vechi înregistrări arată că în iulie 1844 erau șase băieți și opt fete.
În 1847 a fost construit Steamboat Pier și a fost înființată o vamă permanentă. Poliția maritimă și ofițerii vamali au rămas aici până când Melbourne Harbour Trust a dezvoltat canale fluviale mai aproape de Melbourne CBD în anii 1890.
În 1849-50 a fost construit un far din piatră albastră pentru a-l înlocui pe cel din lemn. Acesta a funcționat ca far doar până în 1860, când a fost construit un Pile Light, care a fost ancorat în largul plajei Shelly Beach. Apoi a fost folosit ca turn cu bilă de timp.
