În faza eliminatorie, echipele joacă una împotriva celeilalte în două manșe, în sistem "acasă și în deplasare", cu excepția finalei cu un singur meci. Mecanismul tragerii la sorți pentru fiecare rundă este următorul:
- La tragerea la sorți pentru 16-imile de finală, cele opt câștigătoare ale grupelor sunt capi de serie, iar cele opt ocupante ale locurilor secunde ale grupelor nu sunt capi de serie. Echipele cap de serie sunt trase la sorți împotriva echipelor care nu sunt cap de serie, iar echipele cap de serie găzduiesc manșa secundă. Echipele din aceeași grupă sau din aceeași asociație nu se pot întâlni între ele.
- La tragerea la sorți a sferturilor de finală și mai departe, nu există capi de serie, iar echipele din aceeași grupă sau din aceeași asociație pot fi trase la sorți una împotriva celeilalte.
Turneul 16
Tragerea la sorți pentru 16-imile de finală va avea loc pe 17 decembrie 2018. Primele manșe se vor juca pe 12, 13, 19 și 20 februarie, iar manșele retur se vor disputa pe 5, 6, 12 și 13 martie 2019.
Sferturile de finală
Tragerea la sorți pentru sferturile de finală va avea loc la 15 martie 2019. Primele manșe se vor juca pe 9 și 10 aprilie, iar manșele retur vor avea loc pe 16 și 17 aprilie 2019.
Semifinalele
Tragerea la sorți a semifinalelor va avea loc la 19 aprilie 2019. Primele manșe se vor juca pe 30 aprilie și 1 mai, iar manșele secunde se vor juca pe 7 și 8 mai 2019.
Final
Finala se va juca la 1 iunie 2019, pe Wanda Metropolitano din Madrid. Echipa "gazdă" (în scopuri administrative) va fi stabilită printr-o tragere la sorți suplimentară organizată după tragerea la sorți a semifinalelor.