Sahm a murit în urma unui infarct miocardic în timp ce dormea într-o cameră de motel din Taos, New Mexico, la 18 noiembrie 1999. El este înmormântat în Sunset Memorial Park din San Antonio.
Un album postum, The Return of Wayne Douglas, a fost lansat în 2000. Fiul lui Sahm, Shawn, conduce propria sa trupă Tex Mex. Au apărut pe coperta revistei Rolling Stone în 1968, ca tată și fiu. Celălalt fiu al lui Doug Sahm, Shandon Sahm, este toboșarul trupei Meat Puppets din 2010.
Sahm a fost inclusă în South Texas Music Walk of Fame. În 2008, a fost inclus în Austin Music Memorial, în primul grup. De asemenea, în 2002, a primit Premiul președinților Asociației Americana Music Association (AMA).
În 2008, Austin, Texas, a aprobat numirea dealului Doug Sahm Hill, într-un parc din apropierea lacului Lady Bird, în onoarea sa.
În octombrie 2012, Steve Earle i-a adus un omagiu lui Sahm la Hardly Strictly Bluegrass Festival din Golden Gate Park. Grupul său a interpretat câteva dintre cântecele americane ale lui Sahm.
Un film documentar, Sir Doug & the Genuine Texas Cosmic Groove, a avut premiera la festivalul de muzică South by Southwest (SXSW). Acest lucru s-a întâmplat în Austin, Texas, la 19 martie 2015.