În 1983, Sanger s-a retras în casa sa, "Far Leys", în Swaffham Bulbeck, lângă Cambridge.
În 1992, Wellcome Trust și Medical Research Council au înființat Centrul Sanger (în prezent Institutul Sanger), care îi poartă numele. Institutul se află în Wellcome Trust Genome Campus, lângă Hinxton, la doar câțiva kilometri de casa lui Sanger. John Sulston, directorul fondator, l-a întrebat pe Sanger dacă centrul ar putea fi numit în onoarea sa. Sanger a fost de acord, dar a avertizat: "Ar fi bine să fie ceva bun". Centrul a fost deschis chiar de Sanger la 4 octombrie 1993, cu un personal de mai puțin de 50 de persoane. În prezent, Institutul are un rol de lider în secvențierea genomului uman. În prezent, Institutul are peste 900 de persoane și este unul dintre cele mai mari centre de cercetare genomică din lume.
Deși își păstrează aversiunea față de violență, și-a pierdut credința religioasă quaker și se consideră agnostic. Într-un interviu publicat în 2000 în ziarul Times, Sanger este citat spunând: "Tatăl meu a fost un quaker convins și eu am fost crescut ca un quaker, iar pentru ei adevărul este foarte important. M-am îndepărtat de aceste convingeri - în mod evident, cineva caută adevărul, dar are nevoie de dovezi în acest sens. Chiar dacă aș fi vrut să cred în Dumnezeu, mi-ar fi fost foarte greu. Aș avea nevoie să văd dovezi".
A refuzat oferta de a fi numit cavaler, deoarece nu dorea să i se adreseze cu "domnule", dar a acceptat mai târziu să fie decorat cu Ordinul deMerit.
În 2007, Societatea Biochimică Britanică a primit o subvenție de la Wellcome Trust pentru a cataloga și conserva cele 35 de caiete de laborator în care Sanger și-a consemnat cercetările remarcabile din 1944 până în 1983. În relatarea acestui subiect, revista Science a notat că Sanger, "cea mai modestă persoană pe care ai putea spera să o întâlnești", își petrecea acum timpul făcând grădinărit în casa sa din Cambridgeshire.
Moartea
Sanger a murit la 19 noiembrie 2013, la vârsta de 95 de ani, în locuința sa din Cambridge, Anglia. Biografia sa științifică este în curs de redactare pentru a fi publicată în 2014.
