Premiul a umplut un gol în sistemul de onoare din timpul reginei Victoria. Era posibil să se recompenseze doar persoanele care dețineau funcții oficiale. Astfel, de exemplu, T.H. Huxley a putut fi recompensat pentru că a făcut parte din comisii regale, însă Charles Darwin și Alfred Russel Wallace nu dețineau nicio funcție oficială. Fără îndoială, munca lor a fost la fel de importantă ca și cea a lui Huxley, sau chiar mai importantă. Acest tip de problemă a fost cunoscut de Edward al VII-lea, iar când a devenit în cele din urmă rege, a elaborat acest nou premiu care nu avea astfel de limitări. Ideea fusese discutată înainte.
Prima mențiune a unui posibil Ordin de Merit a fost făcută după Bătălia de la Trafalgar, în 1805. Acesta a fost discutat în scrisori între Primul Lord al Amiralității, Lord Barham, și prim-ministrul William Pitt. Nimic nu s-a concretizat din această idee. Mai târziu, regina Victoria, curtenii săi și politicienii, cu toții s-au gândit că un nou ordin, bazat pe ordinul prusac Pour le Mérite, ar putea compensa recunoașterea insuficientă oferită de sistemul de onoruri stabilit pentru realizările din afara serviciului public, în domenii precum arta, muzica, literatura, industria și știința. Soțul Victoriei, Albert, Prințul consort, s-a interesat de această chestiune; el a scris în jurnalul său că s-a întâlnit la 16 ianuarie 1844 cu Robert Peel pentru a discuta "ideea instituirii unui Ordin civil al Meritului", iar trei zile mai târziu a discutat cu regina pe această temă. Conceptul nu s-a ofilit și, la 5 ianuarie 1888, primul ministru britanic, marchizul de Salisbury, i-a prezentat reginei un proiect de constituție pentru un Ordin al Meritului în Știință și Artă, constând într-un singur grad împărțit în două ramuri de cavalerie: Ordinul Meritului Științific - pentru Cavalerii Meritului în Știință, cu literele post-nominale KMS- și Ordinul Meritului Artistic - pentru Cavalerii Meritului în Artă, cu literele post-nominale KMA. Cu toate acestea, Sir Frederic Leighton, președintele Academiei Regale, a sfătuit împotriva noului ordin, în primul rând din cauza procesului de selecție.
Fiul Victoriei, Eduard al VII-lea, a fost cel care a înființat Ordinul de Merit, la 26 iunie 1902 - data pentru care fusese planificată inițial încoronarea sa - ca mijloc de recunoaștere a "serviciilor excepțional de meritorii în Marina și Armata noastră, sau a celor care au adus servicii excepțional de meritorii pentru promovarea artei, literaturii și științei"; toate aspectele moderne ale ordinului au fost stabilite sub conducerea sa, inclusiv divizia pentru personalitățile militare. Încă de la început, prim-miniștrii au încercat să propună candidați sau au făcut lobby pentru a influența decizia monarhului privind numirile, însă Casa Regală a păstrat cu fermitate informațiile despre potențialele nume. După 1931, când a luat ființă Commonwealth of Nations și fostele Dominioane ale Imperiului Britanic au devenit state independente, egale ca statut cu Regatul Unit, Ordinul de Merit a rămas o distincție deschisă tuturor regatelor regelui; astfel, ca și monarhul care l-a conferit, ordinul a încetat să mai fie pur britanic.
Încă de la început, ordinul a fost deschis femeilor, Florence Nightingale fiind prima femeie care a primit această distincție, în 1907. Mai multe persoane nu au primit această onoare, cum ar fi Rudyard Kipling, A. E. Housman și George Bernard Shaw. Până în prezent, Prințul Philip, Duce de Edinburgh, rămâne cea mai tânără persoană introdusă vreodată în Ordinul de Merit, fiind admis de Regina Elisabeta a II-a în 1968, când avea 47 de ani.