Primul mandat
Una dintre primele inițiative ale lui Howard a fost să unească guvernele statelor australiene pentru a interzice deținerea de arme de foc în Australia. Această inițiativă a fost luată după masacrul de la Port Arthur din Tasmania din 1996, unde 35 de persoane au fost ucise și alte 37 rănite de un bărbat înarmat. În 1998, Howard și trezorierul său, Peter Costello, au dus o mare reformă fiscală (GST) la alegeri și au câștigat.
Al doilea mandat
În 1999, guvernul lui John Howard a organizat un referendum pentru a decide dacă Australia ar trebui să devină o republică și să aibă un președinte în locul unei regine. Cu toate acestea, John Howard nu a susținut referendumul și a îndemnat populația să voteze împotrivă. Opoziția Partidului Laburist australian, condusă de Kim Beazley, a criticat modul în care John Howard a gestionat conflictul din 1998 de pe malul mării australiene.
În 1999, Howard a condus o forță a Organizației Națiunilor Unite în Timorul de Est (INTERFET), pentru a ajuta la instaurarea unei democrații independente.
Al treilea mandat
După atentatele din 11 septembrie, John Howard s-a implicat în problemele mondiale. A fost apropiat de George W. Bush, care era liderul Statelor Unite. George Bush l-a numit pe John Howard un "aliat cheie". John Howard a trimis trupe SAS în Afganistan și Irak pentru a sprijini Statele Unite și a semnat un acord de liber schimb cu Statele Unite. În ciuda acestei alianțe, Australia a rămas destul de neutră în ceea ce privește Israelul și Palestina.
Ca și înainte de Howard, comerțul australian cu Asia a crescut în perioada în care John Howard a fost lider. Acesta l-a invitat pe liderul chinez Hu Jintao să vorbească pentru prima dată în Parlamentul australian. După tsunami-ul din 2004, John Howard l-a sunat pe președintele Indoneziei și i-a oferit un miliard de dolari pentru a ajuta. John Howard a crescut foarte mult imigrația, iar în Australia au venit oameni din toată lumea, dar a încercat să oprească bărcile de oameni care veneau fără să ceară vize mai întâi.
Al patrulea mandat
În 2005, el a facilitat șefilor să scape mai ușor de lucrători prin introducerea controversatei legislații industriale WorkChoices, introdusă de ministrul său pentru relații la locul de muncă, Kevin Andrews. Acest lucru i-a supărat pe oameni, iar Partidul Laburist a devenit mai popular. La 24 noiembrie 2007, Kevin Rudd a câștigat alegerile, iar John Howard a încetat să mai fie prim-ministru. De asemenea, John Howard și-a pierdut locul în Parlament în favoarea candidatei Partidului Laburist, Maxine McKew, o fostă jurnalistă a postului de televiziune ABC.