Tatăl lui Locke, care se numea tot John Locke, era un avocat de țară. Acesta a fost căpitan în prima parte a
Războiului Civil Englez. Mama sa, Agnes Keene, era fiica unui
tăbăcar și era considerată a fi foarte frumoasă. Atât mama, cât și tatăl erau
puritani. Locke s-a născut la 29 august 1632, într-o căsuță de lângă biserica din Wrington, Somerset, la aproximativ 12 mile de
Bristol. A fost
botezat când s-a născut. După aceea, familia sa s-a mutat curând la Pensford.
În 1647, Locke a fost trimis la Școala Westminster din Londra. În acest timp, el era sponsorizat de Alexander Popham, membru al Parlamentului. După ce și-a terminat studiile acolo, a intrat la Christ Church. Deși Locke a fost un elev bun, nu i-a plăcut programul de timp petrecut acolo. Nu-i plăceau materiile clasice predate la universitate și dorea să învețe mai multe despre filosofia modernă. Prin intermediul prietenului său Richard Lower, pe care îl cunoscuse la școală, Locke a învățat despre medicină.
Locke a obținut o diplomă de licență în 1656 și o diplomă de master în 1658. În 1666, l-a întâlnit pe Lordul Anthony Ashley Cooper, care venise la Oxford în căutarea unui tratament pentru boala sa de ficat. Cooper a fost impresionat de Locke și i-a cerut să vină.
Locke era în căutarea unui loc de muncă și în 1667 s-a mutat în casa lui Shaftesbury, la Exeter House din Londra, pentru a fi medicul personal al lordului Ashley. La Londra, Locke și-a continuat studiile despre medicină.
Cunoștințele medicale ale lui Locke au fost puse la încercare atunci când boala de ficat a lui Shaftesbury s-a agravat până când Shaftesbury a fost pe punctul de a muri. Locke a folosit sfatul mai multor medici și l-a convins pe Shaftesbury să meargă la o operație. Shaftesbury a supraviețuit operației și i-a mulțumit lui Locke pentru că i-a salvat viața.
Shaftesbury, în calitate de membru al mișcării Whig, a avut o mare influență asupra ideilor politice ale lui Locke. Cu toate acestea, după ce Shaftesbury a început să cadă în dizgrație în 1675, Locke a decis să călătorească prin Franța. S-a întors în Anglia în 1679. În această perioadă, din cauza insistențelor lui Shaftesbury, Locke a scris cele Două tratate de guvernare. Deși s-a crezut cândva că Locke a scris Tratatele pentru a apăra Revoluția Glorioasă din 1688, cercetările recente au arătat că lucrarea a fost compusă chiar înainte ca aceasta să înceapă.
Cu toate acestea, Locke a fugit în Olanda în 1683. Acest lucru se datorează faptului că oamenii au început să suspecteze că ar fi fost implicat în complotul de la Rye House pentru asasinarea regelui Carol al II-lea al Angliei. În Țările de Jos, Locke a avut timp să se întoarcă la scrierile sale, petrecând foarte mult timp pentru a reface Eseul. Locke nu s-a întors acasă decât după Revoluția Glorioasă. Locke s-a întors cu soția lui William de Orange în Anglia în 1688.
Prietena apropiată a lui Locke, Lady Masham, l-a invitat să i se alăture la casa de țară a familiei Masham din Essex. Deși perioada petrecută acolo a fost marcată de o stare de sănătate variabilă din cauza crizelor de astm, a devenit totuși un erou intelectual al Whigs. În această perioadă a discutat cu personalități precum John Dryden și Isaac Newton.
A murit la 28 octombrie 1704 și este înmormântat în curtea bisericii din satul High Laver, la est de Harlow, în Essex, unde locuia în casa lui Sir Francis Masham din 1691. Locke nu s-a căsătorit niciodată și nici nu a avut copii.
Printre evenimentele care au avut loc în timpul vieții lui Locke se numără Restaurația engleză, Marea Ciumă din Londra și Marele Incendiu din Londra. El nu a văzut cu adevărat actele de uniune din 1707, deși tronurile Angliei și Scoției au fost ținute în uniune personală pe tot parcursul vieții sale. Monarhia constituțională și democrația parlamentară se aflau la începuturi în timpul lui Locke.
