Primul război civil englez (1642-46)
La mijlocul anului 1642, ambele tabere au început să călătorească prin țară pentru a aduna susținători și arme. La 22 august, regele Carol a ridicat steagul regal în Nottingham. Prin acest gest, el anunța că se află în război cu Parlamentul.
Regele a găsit mai mult sprijin în mediul rural, în zonele mai sărace ale țării și în nordul și vestul Angliei. Parlamentul a găsit mai mult sprijin în majoritatea orașelor, în porturi, în părțile mai bogate ale țării și în sudul și estul Angliei. Oamenii care erau catolici în secret îl susțineau în cea mai mare parte pe rege. Marina regală și majoritatea puritanilor au susținut Parlamentul. Unele zone au sprijinit Parlamentul din cauza unor probleme locale, cum ar fi lucrările de drenaj al terenurilor din Fens.
Armatele regaliste au fost conduse de prințul Rupert, nepotul regelui. Armatele parlamentariste au fost conduse la început de Contele de Essex. Regaliștii au decis că vor încerca să lupte rapid cu parlamentarii, așa că au mers în întâmpinarea lor în Warwickshire. Prima bătălie majoră a fost Bătălia de la Edgehill din octombrie 1642. Bătălia s-a încheiat la egalitate. Regele a încercat să se întoarcă la Londra, dar a fost blocat de armata parlamentară. S-a mutat cu armatele sale la Oxford, unde avea mai mulți adepți loiali.
Primul an de război a decurs destul de bine pentru regaliști. Aceștia și-au consolidat controlul asupra nordului și vestului. Progresul lor a fost mai lent în Midlands, deși au capturat Lichfield. După jumătatea anului 1643, parlamentarii au început să se descurce mai bine. Au câștigat bătălii în Lincolnshire, în est și la Newbury, la vest de Londra.
Regele Carol a încheiat o înțelegere cu rebelii irlandezi pentru a opri luptele din Irlanda, eliberând soldați care puteau lupta pentru el. Parlamentul a făcut o înțelegere cu Covenantors scoțieni, care îi vor ajuta. Parlamentul a fost ajutat și de un lider de armată talentat, Oliver Cromwell. Acesta a condus o unitate de cavalerie (călăreți) numită "Ironsides". Ironsides erau mai bine organizați decât majoritatea unităților de cavalerie, ceea ce i-a făcut mult mai buni la luptă.
Ajutat de scoțieni și de Ironsides, Parlamentul a obținut o victorie majoră în Bătălia de la Marston Moor din iulie 1644. Aceștia au preluat controlul asupra nordului Angliei. Regaliștii au fost slăbiți, dar nu încă înfrânți. Au câștigat Bătălia de la Lostwithiel din Cornwall, învingându-i pe soldații lui Essex. De asemenea, au reușit să lupte până la o remiză în a doua Bătălie de la Newbury, în octombrie.
În 1645, Parlamentul și-a organizat soldații în Armata Noului Model. Contele de Essex a fost înlocuit de Sir Thomas Fairfax. Oliver Cromwell a devenit adjunctul lui Fairfax. Armata Noului Model era mai bine organizată decât orice altă armată care o precedase. Aceasta a învins cea mai mare armată a regelui în Bătălia de la Naseby din iunie 1645. Cei mai mulți dintre soldații regaliști de la Naseby au fost luați prizonieri. Regele Carol a scăpat de la Naseby, dar a lăsat în urmă bagajele sale, care aveau scrisori în ele. Parlamentarii le-au deschis și au aflat că regele încerca să obțină ajutor de la catolicii irlandezi și din țările catolice. Regele și-a pierdut sprijinul din această cauză.
Cealaltă mare armată regalistă a fost înfrântă în Bătălia de la Langport, în Somerset, o lună mai târziu. Parlamentarii au preluat controlul în sud-vestul Angliei, unde fuseseră slabi. Regele Charles a încercat să-și adune susținătorii rămași în Midlands. Multe orașe-fortăreață din zona de la Oxford la Newark-on-Trent îi erau încă loiale. În mai 1646, Charles a întâlnit o armată scoțiană în Nottinghamshire. Scoțienii l-au luat prizonier.
Al doilea război civil englez (1648)
Deși parlamentarii câștigaseră, erau divizați cu privire la modul în care să conducă țara. Una dintre marile dispute era legată de religie. Cei mai mulți membri ai Parlamentului doreau o biserică națională presbiteriană. Armata Noului Model era în favoarea permiterii bisericilor locale să se administreze singure, fără a exista o biserică națională. Regaliștii învinși susțineau Biserica Angliei existentă, deși unii erau în secret catolici. Atât Parlamentul, cât și armata au încercat să obțină sprijinul regelui și al presbiterienilor scoțieni. Regele Carol se afla în închisoare și a fost trecut între grupuri. El a refuzat să facă o înțelegere cu oricare dintre ele, deoarece credea că numai el avea dreptul să conducă Anglia. S-a prefăcut că este interesat să facă o înțelegere în timp ce plănuia să preia din nou controlul țării. Diviziunile s-au agravat când Parlamentul a încercat să desființeze Armata Noului Model.
Un al doilea război a izbucnit atunci când unii presbiterieni scoțieni (numiți Engagers) și unii presbiterieni englezi s-au aliat cu regele. Aceștia au fost de acord să îl susțină în schimbul transformării bisericilor engleze și scoțiene în biserici prezbiteriene. Scoțienii au invadat Anglia, în timp ce în diferite părți ale Angliei au izbucnit rebeliuni regaliste. Unele dintre rebeliuni au fost înfrânte foarte ușor. Rebeliunile din Țara Galilor, Kent, Essex și Cumberland au fost mai puternice, dar au fost înăbușite de Armata Noului Model. Regaliștii și scoțienii au fost înfrânți în Bătălia de la Preston din august 1648.
Execuția regelui Carol I
Armata Noului Model deținea controlul. În cadrul unui eveniment numit "Epurarea lui Pride", colonelul Thomas Pride i-a eliminat pe toți membrii Parlamentului care nu susțineau armata. Au rămas doar 75 de membri. Armata i-a pus pe aceștia la conducerea țării, iar acest Parlament a fost numit Parlamentul Rump.
Parlamentul de Rump a decis că nu va mai colabora cu Regele Carol. L-au trimis în judecată. La 27 ianuarie 1649, procesul l-a găsit vinovat de trădare și l-a numit "tiran, trădător, ucigaș și dușman public". A fost decapitat trei zile mai târziu.
Mulți istorici spun că execuția regelui Carol a fost un moment important în istoria Angliei și chiar în istoria lumii occidentale. Niciun monarh european nu mai fusese judecat de propriul popor până atunci. Alte țări din Europa au spus că execuția a fost o greșeală, dar nu au făcut prea multe altele. Nu toți parlamentarii au susținut execuția. Fairfax a considerat că a fost o greșeală. A demisionat din funcția de lider al Armatei Noului Model și a fost înlocuit de Oliver Cromwell.
Următorul rege ar fi fost fiul lui Carol, prințul Carol, viitorul rege Carol al II-lea. În schimb, Parlamentul a anunțat că Anglia va deveni o republică, numită Commonwealth of England. Cu toate acestea, Prințul Charles ar fi putut deveni în continuare rege al Scoției.
Al treilea război civil englez (1649-51)
Cel de-al treilea Război Civil Englez a fost, de fapt, mai mult o luptă între armatele scoțiene și engleze, iar o mare parte din el s-a desfășurat în Scoția.
În 1649, marchizul de Montrose a declanșat o rebeliune în Scoția în sprijinul regelui Carol al II-lea. În loc să îl sprijine pe Montrose, Carol a decis să se alieze cu Pactanții scoțieni. Aceștia se temeau că Commonwealth-ul Angliei va împiedica Scoția să aibă o biserică prezbiteriană. Montrose a fost învins de armatele scoțiene în aprilie 1650. În iunie, Charles a debarcat în Scoția și a semnat un acord cu Pactanții scoțieni.
Cromwell a călătorit în Scoția și a sosit în luna următoare. În cursul anului următor, a preluat controlul asupra principalelor părți ale Scoției. Când Charles a fugit în Anglia, Cromwell l-a urmat, lăsându-l pe George Monck să termine de câștigat războiul în Scoția. Când acest lucru a fost făcut, Scoția a devenit parte a Commonwealth-ului Angliei.
Armata lui Charles a mărșăluit prin Anglia spre regiunile vestice, unde regaliștii aveau cel mai mare sprijin. Cu toate acestea, nu au reușit să găsească atât de mulți susținători pe cât își doreau. Cromwell i-a găsit și i-a învins în Bătălia de la Worcester, la 3 septembrie 1651. Carol a fugit în Țările de Jos. Nu se va întoarce până în 1660.
Rebeliunea irlandeză
Rebeliunea irlandeză care a început în 1641 va continua până în 1652. A fost luptată în principal de către catolicii irlandezi împotriva armatelor parlamentarilor englezi, a covenantorilor scoțieni și a coloniștilor protestanți din Irlanda. La început, rebelii au luptat și împotriva armatelor regaliste engleze, dar acest lucru a încetat în mare parte după septembrie 1843. La șapte luni de la începutul rebeliunii, rebelii și-au creat propriul guvern în Kilkenny. Acesta era cunoscut sub numele de Confederația catolică irlandeză.
În 1649, Oliver Cromwell a mers în Irlanda și a înăbușit rebeliunea lor. Cromwell a rămas în Irlanda ca un invadator brutal, în special din cauza numărului mare de oameni uciși în timpul Asediului de la Drogheda. Unele lupte au continuat în Irlanda până în 1653.