Jones s-a născut în cartierul Smithfield din Londra. Tatăl său, numit și Inigo Jones, era un muncitor textilist din Țara Galilor. De foarte tânăr, ca ucenic tâmplar la Catedrala St Paul's, a lucrat ca ucenic tâmplar. Cu ceva timp înainte de 1603, un patron bogat (posibil contele de Pembroke sau contele de Rutland) l-a trimis în Italia pentru a studia desenul. După Italia, a călătorit în Danemarca, unde a lucrat pentru regele Christian al V-lea la proiectele pentru palatele Rosenborg și Frederiksborg ale regelui. Când s-a întors în Anglia, a început să lucreze ca designer de teatru și arhitect. În septembrie 1615, regele Carol I l-a numit pe Jones în funcția de inspector general al lucrărilor regelui. Între 1629 și 1635 a lucrat pentru clădirile din Covent Garden.
Cariera lui Jones ca arhitect cu normă întreagă s-a încheiat odată cu izbucnirea Războiului Civil Englez în 1642. Parlamentul Angliei a confiscat toate casele regelui în 1643. În ultimii săi ani, Jones a locuit în Somerset House, în centrul Londrei. A murit acolo la 21 iunie 1652. A fost înmormântat alături de părinții săi la Biserica Sfântul Benet. St Benet era biserica galeză a orașului Londra.