Un flagel (plural: flagel) este o structură lungă, asemănătoare unui bici, care ajută unele organisme unicelulare să se deplaseze. Este compus din microtubuli. Acestea ajută la propulsarea celulelor și organismelor într-o mișcare asemănătoare unui bici. Flagelul eucariotelor se mișcă de obicei cu o mișcare în formă de "S" și este înconjurat de membrana celulară.
Din punct de vedere structural, flagelii sunt aproape identici cu cilii mult mai mici. Atât de mult încât s-a propus ca protiștii care poartă ambele să fie unificați în Phylum Undulipodia. Anterior, Margulis a propus ca numai ciliatele să fie plasate într-un Phylum Ciliophora. Este adevărat că Protista este o colecție de forme unicelulare disparate, dar în timp ce o taxonomie mai sofisticată este în flux (în schimbare), Protista este încă un termen util.
Cilii și flagelii sunt organite celulare, unități specializate care îndeplinesc funcții bine definite, precum mitocondriile și plastidele. În prezent, este destul de clar că toate sau majoritatea acestor organite își au originea în procariote (bacterii sau archaea) cândva independente și că celula eucariotă este o "comunitate de microorganisme" care lucrează împreună într-un "mariaj de conveniență".
