Trupa Amon Amarth a fost formată din trupa anterioară, Scum, care a fost înființată în 1988. După un demo din 1991, trupa s-a destrămat. Johan Hegg i-a convins pe ceilalți membri să se reunească din nou și au format Amon Amarth în 1992. Au înregistrat primul lor demo, Thor Arise (1993), cu Johan Hegg la voce, Anders Hansson la chitară și Ted Lundström la bas. Nu a fost lansat niciodată, deoarece era de slabă calitate. Cu toate acestea, trupa a atras atenția multor fani ai metalului extrem. În 1994 a fost înregistrat un alt demo, The Arrival of the Fimbul Winter, care a fost lansat în 1.000 de exemplare.
Apoi au semnat cu Metal Blade Records și au lansat primul lor album, Once Sent from the Golden Hall. Albumul a făcut ca Amon Amarth să devină celebru la nivel internațional. În iunie 1998, Amon Amarth urma să plece în turneu cu Deicide, Six Feet Under, Brutal Truth când chitaristul Anders Hansson a plecat și a fost înlocuit de Johan Soderberg. După turneu, Martin Lopez a demisionat pentru a se alătura trupei Opeth și a intrat Fredrik Andersson (fostul A Canorous Quintet). Cu el, în primăvara anului 1999, trupa a înregistrat și a lansat al doilea album de lung metraj, The Avenger.
Au lansat The Crusher în 2001 și au plecat în turneu pentru a-l susține alături de Marduk, Vader. Acesta a fost planificat să aibă loc în Statele Unite, dar a fost anulat din cauza atacurilor din 11 septembrie. În schimb, a avut loc un an mai târziu, dar de data aceasta fără Marduk. În aprilie 2002, trupa a făcut un turneu în Europa cu Vomitory, iar în august a cântat la Wacken Open Air în fața a 12.000 de fani. Versus The World, cel de-al patrulea album de studio, a fost lansat pe 18 noiembrie 2002. Ediția bonus a albumului a inclus demo-urile lor anterioare. Turneele au continuat până în primăvara anului 2004, când trupa a început să lucreze la albumul Fate of Norns, care a fost lansat pe 6 septembrie 2004. With Oden on Our Side a fost lansat doi ani mai târziu, iar Allmusic a spus despre trupă: "Amon Amarth continuă să fie campionii turneului mondial de death metal".
În ianuarie 2008 au plecat pentru prima dată în turneu în Australia și Noua Zeelandă. Au plecat în turneu cu Dimmu Borgir după ce au terminat un alt turneu cu Sonic Syndicate și Himsa.
Amon Amarth și-a prelungit contractul cu Metal Blade Records în 2008 pentru încă trei albume. După ce și-a prelungit contractul de înregistrare, trupa a lansat Twilight of the Thunder God. Albumul a avut multe apariții ale unor invitați, printre care Lars Göran Petrov, Roope Latvala și Apocalyptica. Albumul a fost însoțit de o bandă desenată de opt pagini bazată pe mitologia nordică, care a fost lansată de reviste din Europa. Twilight of the Thunder God a avut un mare succes și a ajuns pe locul 6 în Germania, pe locul 10 în Finlanda, pe locul 11 în Suedia, pe locul 14 în Austria, pe locul 21 în Elveția. A ajuns pe locul 7 în Top 20 Albume din acel an al revistei Revolver Magazine.
Trupa a plecat într-un alt turneu în America de Nord în octombrie 2008, alături de Ensiferum, Belphegor și The Absence. Amon Amarth a susținut primul său concert în India, fiind cap de afiș la Deccan Rock Festival din Bangalore, pe 5 decembrie 2009, și a cântat alături de Slayer în timpul turneului lor european.
Au lansat cel de-al 8-lea album, Surtur Rising, pe 29 martie 2011. Metal Blade Records a lansat primul lor single, "War of the Gods", pe 27 ianuarie 2011, prin intermediul YouTube. Pentru a susține albumul, trupa a pornit într-un turneu mondial de 4 luni alături de Children Of Bodom și Ensiferum, printre alții.
Amon Amarth a concertat la Wacken Open Air în 2012, Hellfest 2013, Download Festival 2013, Sweden Rock Festival și Mayhem Festival 2013.
Pe 25 iunie 2013, Amon Amarth a lansat cel de-al nouălea album de studio, Deceiver of the Gods. Coperta albumului îl înfățișa pe Ragnarök în timpul ultimei bătălii dintre zeii Æsir și Loki, însoțit de armata morților.
Pe 19 martie 2015, Amon Amarth a postat pe Facebook că toboșarul Fredrik Andersson a părăsit trupa după 17 ani de colaborare. Trupa a lansat cel de-al 10-lea album Jomsviking pe 25 martie 2016. Tobias Gustafsson, a fost folosit ca un nou toboșar pentru acest album. În perioada 22 martie-25 martie, au susținut concerte în Londra, Paris, Tilburg și Berlin. De asemenea, vor cânta cu Testament în Marea Britanie într-un turneu din octombrie și noiembrie 2016.