În 1869, Fujita s-a născut în provincia Awa (Tokushima).
În 1895 a absolvit școala de arte liberale a Universității din Tokyo, cu o diplomă în studiul limbii chineze.
După aceea a predat istoria literaturii chineze la Universitatea Waseda, Universitatea Toyo și la alte școli.
În 1896, a cofondat Dongya Xueyuan (東亞學院, Colegiul Asiei de Est) împreună cu Oyanagi Shigeta și alții. Fujita a fondat, de asemenea, revista "Jiangsu Wenxue"《江湖文學》(Jiangsu Literature).
În 1897 a vizitat Shanghai.
În 1898 a contribuit la crearea Dongwen Xueshe (東文學社, societatea de literatură din Asia de Est) împreună cu Luo Zhenyu.
După 1904, Cen Chunxuan (岑春煊), guvernator al Guangxi și Guangdong, i-a cerut lui Fujita să îl ajute în domeniul educației.
În 1905, a contribuit și la crearea liceului Suzhou (江苏师范学堂). El a invitat mai mult de 10 profesori din Japonia. Dinastia Qing i-a acordat apoi o medalie. În 1909, Fujita a devenit profesor la prestigioasa Universitate din Beijing.
În 1912, Japonia s-a întors în Japonia. A locuit în Tokyo și a cercetat istoria interacțiunilor est-vest. În 1920 a obținut un doctorat în literatură.
În 1923 a fost profesor la Universitatea Waseda. A predat istoria transportului maritim est-vest și istoria regiunilor vestice (China, Xiyu, Xinjiang de astăzi).
În 1925 a devenit profesor la Universitatea imperială din Tokyo și primul lector de istorie a Asiei Orientale.
În 1928 a devenit profesor și ministru al culturii și politicii la Universitatea Imperială din Taibei (臺北帝國大學). În mai 1929 s-a întors la Tokyo pentru a ține din nou o conferință despre istoria Xiyu. Dar în iulie a murit din cauza unei insuficiențe renale.
