Există o biserică pe acest loc de peste 1300 de ani, de când Etheldreda, regina Northumbriei, a acordat o concesiune de terenuri în jurul anului 674. Abația benedictină a fost construită aproape în întregime din pietre provenite din ruinele romane din apropiere. Cripta saxonă încă se mai păstrează; la fel ca și un scaun frith, o "cathedra" sau tron din secolul al VII-lea/8-lea.
În anul 875, Halfdene Danezul a devastat întreaga Tyneside, iar biserica din Hexham a fost jefuită și arsă până la temelii.
În jurul anului 1050, un anume Eilaf a fost însărcinat cu Hexham, deși, în calitate de trezorier al Durham, probabil că nu a ajuns niciodată acolo. Eilaf a fost însărcinat să reconstruiască biserica din Hexham, care pe atunci se afla într-o ruină totală. Fiul său, Eilaf al II-lea, a finalizat lucrarea, probabil construind în stil normand.
În epoca normandă, vechea abație a fost înlocuită cu un prioriaj augustinian. Actuala biserică datează din acea perioadă (c.1170-1250), în stilul arhitectural englezesc timpuriu (gotic). Corul, transepturile de nord și de sud și claustrul datează din această perioadă.
Capătul estic a fost reconstruit în 1860, iar restul mănăstirii a fost în mare parte reconstruit în jurul anului 1900. Acest proiect mamut a implicat reconstruirea naosului, ai cărui pereți includ o parte din biserica anterioară. Naosul a fost reconsacrat în 1908. În 1996 a fost creată o capelă suplimentară la capătul estic al culoarului nordic al corului. Denumită Capela St Wilfrid, aceasta oferă un loc pentru rugăciune sau reflecție liniștită.