Origini
Sinodul Missouri a fost înființat de mai multe comunități de luterani germani din Statele Unite. F. C. D. Wyneken a desfășurat activități misionare în Indiana, Ohio și Michigan. Martin Stephan a inițiat o comunitate de luterani în Perry County, Missouri, și în St. Louis, Missouri. Wilhelm Löhe a trimis misionari în Michigan și Ohio.
Imigrația săsească
În Regatul Saxoniei, în secolul al XIX-lea, pastorul luteran Martin Stephan și mulți dintre adepții săi au crezut că biserica lor va fi forțată să fuzioneze cu biserica reformată. Din acest motiv, Stephan și alți 600-700 de luterani sași au părăsit Germania pentru a se muta în Statele Unite în noiembrie 1838. Aveau cinci nave.
Navele lor au sosit la New Orleans între 31 decembrie 1838 și 20 ianuarie 1839. O navă a fost pierdută pe mare. Ulterior, s-au stabilit în Perry County, Missouri. La început, Stephan a fost episcop. Mai târziu, alți membri au spus că Stephan era corupt și curvar, așa că a fost dat afară. Astfel, C. F. W. Walther a devenit noul lider.
Misionarii Löhe
În 1842, un pastor german pe nume Wilhelm Löhe a început să trimită misionari în America. Aceștia au înființat congregații în Ohio, Michigan și Indiana.
Înființare și primii ani
În 1844 și 1845, cele trei grupuri enumerate mai sus (sașii, misionarii Löhe și Wyneken) au început să discute despre înființarea unui sinod. La 26 aprilie 1847, doisprezece pastori s-au întâlnit la Chicago, Illinois, și au înființat oficial Sinodul evanghelic luteran german din Missouri, Ohio și alte state. Walther a fost primul președinte.
Sinodul a fost conservator. Löhe a plecat pentru că nu era de acord cu unele dintre doctrinele sale.
Conferința sinodală
În 1857 și 1872, LCMS a intrat în comuniune cu alte cinci sinoade luterane conservatoare. Aceste grupuri au format Conferința Sinodală Evanghelică Luterană Sinodală din America de Nord.
Tranziție în limba engleză
Timp de treizeci de ani de la înființare, Sinodul Missouri s-a concentrat pe luteranii de limbă germană. În 1872, membrii Sinodului Missouri, împreună cu alte trei sinoade, au înființat "Conferința evanghelică luterană engleză din Missouri". Acest grup s-a concentrat pe vorbitorii de limbă engleză. A devenit un sinod independent în 1888 și a fuzionat cu LCMS în 1911.
Engleza a devenit mai răspândită în LCMS în primele două decenii ale secolului XX. Unele biserici au renunțat la toate serviciile în limba germană.
Post-WWII
În 1947, sinodul și-a scurtat numele în "The Lutheran Church-Missouri Synod". În 1964, Biserica Evanghelică Luterană Națională, o biserică luterană de origine istorică finlandeză-americană, a fuzionat cu LCMS. În 1971, Sinodul Bisericilor Evanghelice Luterane, o biserică istorică slovaco-americană, a fuzionat cu LCMS.
Conferința sinodală s-a destrămat în 1963. Șase ani mai târziu, LCMS a format Consiliul Luteran din Statele Unite ale Americii (LCUSA) împreună cu alte câteva sinoade luterane. Aceștia erau moderați și liberali. Ulterior, LCMS a început să devină din nou mai conservator.
Unii dintre cei mai liberali profesori și studenți au părăsit Concordia Seminary și au înființat Seminex. În 1976, aproximativ 250 dintre congregațiile mai liberale au părăsit Sinodul. Apoi, LCMS a părăsit LCUSA.