Prima așezare a avut loc în urmă cu aproximativ 25 000 de ani. Adevăratele așezări permanente (și nu doar de vânători-culegători) au fost fondate cel puțin încă din anul 5000 î.Hr. La 4000 de ani după aceea, celții au construit o așezare în Maastricht. Se presupune că se închinau unui zeu al râului. Un oraș roman a fost construit în jurul anului 0 d.Hr., ceea ce face din Maastricht cel mai vechi oraș din Țările de Jos (împreună cu Nijmegen). În această perioadă, Maastricht se numea Trajectum ad Mosam. Aceasta înseamnă Drumul peste Maas. Un pod roman din Maastricht făcea legătura între vest și est, făcând din Maastricht un punct foarte strategic. Acest pod - situat la Eksterstraat - s-a prăbușit în secolul al XIII-lea și a fost înlocuit de celebrul pod St. Servaas.
La începutul Evului Mediu, Maastricht a fost foarte important în răspândirea creștinismului în Țările de Jos. În secolul al IV-lea, episcopul Sfântul Servaas a fost primul episcop din Țările de Jos, iar Onze Lieve Vrouwekerk (care este, de asemenea, cea mai veche clădire încă în picioare din Țările de Jos) ar putea fi descrisă ca fiind rădăcina creștinismului în Țările de Jos. Rămășițele lui Servaas sunt încă păstrate în Maastricht într-un mormânt.
Maastricht și-a primit drepturile de oraș destul de devreme, în 1204. A avut o importanță strategică în timpul Războiului de 80 de ani și al Războaielor napoleoniene. De aceea, Maastricht are două fortărețe: Fortul St. Pieter și Fortul St. Jan. Maastricht avea, de asemenea, ziduri de cetate. Rămășițe ale acestor ziduri pot fi văzute și astăzi (în special Helpoort este unul dintre puținele porturi ale orașului încă în picioare).
La începutul secolului al XX-lea, Maastricht era un oraș industrial, cu multe fabrici. Jan Pieter Minckeleers - un om de știință din Maastricht - a fost primul care a descoperit gazul de cărbune, ceea ce a dus la apariția primelor lumini urbane. În 1940, Maastricht a fost cucerit de forțele germane. Cu toate acestea, multe picturi au fost ascunse în peșterile de la Sint Pietersberg - un deal abrupt din sud-vestul Maastrichtului. Chiar și De Nachtwacht a fost ascuns acolo. Maastricht a fost eliberată la 14 septembrie 1944. În 1992, Maastricht a fost orașul-gazdă al Tratatului European din 1992, în cadrul căruia s-a format oficial UE și s-a luat o decizie cu privire la moneda euro.