La sfârșitul anului 1999, Jimmy Wales a început să se gândească la o enciclopedie online construită de voluntari. În ianuarie 2000, l-a angajat pe Larry Sanger pentru a o gestiona. Proiectul a fost lansat online la 9 martie 2000. Până în noiembrie 2000, fuseseră publicate doar două articole complete.
Încă de la început, Nupedia a fost o enciclopedie cu conținut gratuit. Bomis, compania lui Jimmy Wales, urma să obțină bani din reclame pe site-ul Nupedia. La început, proiectul folosea o licență inventată de Wales și Sanger. Mai târziu, a început să folosească licența Nupedia Open Content License. În ianuarie 2001, a trecut la Licența GNU Free Documentation License. Acest lucru s-a datorat faptului că Richard Stallman și Free Software Foundation au spus că ar trebui să facă acest lucru.
Tot în ianuarie 2001, Nupedia a înființat Wikipedia. La început, aceasta nu era menită să fie o enciclopedie. În schimb, a fost gândită ca un proiect secundar pentru a permite oamenilor să lucreze la articole pentru Nupedia înainte ca acestea să fie revizuite de către colegi. Pe măsură ce Wikipedia s-a extins și a atras noi utilizatori, a început să funcționeze fără Nupedia. Cu toate acestea, Larry Sanger a fost primul care a condus activitatea pe Wikipedia. Acest lucru s-a datorat faptului că el era editorul șef al Nupedia.
Wikipedia a dus la închiderea treptată a Nupedia. Jimmy Wales a decis să nu-l mai plătească pe Sanger în decembrie 2001. Sanger a părăsit apoi atât Nupedia, cât și Wikipedia. După plecarea lui Sanger, Nupedia a devenit și mai puțin cunoscută decât Wikipedia. Pe măsură ce Nupedia a fost folosită din ce în ce mai puțin, s-a propus uneori ideea de a transforma articolele sale în articole din Wikipedia. Cu toate acestea, nu s-a făcut niciodată. După ce a fost închisă, articolele din Nupedia au fost mutate în Wikipedia.
