Reproducerea la Paramecium a fost cercetată de mulți ani. Paramecium are două nuclee (un macronucleu mare și un singur micronucleu compact). Nu pot supraviețui fără macronucleu și nu se pot reproduce fără micronucleu. Reproducerea are loc fie prin fisiune binară (asexuată), fie prin conjugare (sexuată), fie, mai rar, prin endomixie, un proces de autofertilizare. În timpul fisiunii binare, un organism complet dezvoltat se împarte în două celule fiice. Conjugarea constă în unirea temporară a două organisme și în schimbul de elemente micronucleare. Fără efectele întineritoare ale conjugării, un paramecium îmbătrânește și moare. Numai tipurile de împerechere opuse sau organismele compatibile din punct de vedere genetic se pot uni în conjugare.
Acest sistem de reproducere este unic la ciliate și este unul dintre motivele pentru care credem că Protista nu este o cladă naturală (monofilitică), ci mai degrabă o colecție polifilitică de organisme unicelulare.
Paramecium aurelia
Această specie este formată din 14 "syngeni", fiecare dintre ei fiind izolat genetic de ceilalți și unic din punct de vedere biochimic. Fiecare syngen are două tipuri de împerechere. Aspectul singenelor este atât de asemănător încât nu li s-au dat nume de specii separate. p322
Parameci ucigași și particule kappa
Acestea sunt paramecii care secretă, în mediul din jurul lor, particule care ucid alte paramecii. Această trăsătură ucigașă este cauzată de particulele kappa, care sunt bacterii simbiotice. Particulele kappa se găsesc numai la paramecii cu gena K dominantă. Uciderea este realizată de particule mai mici, care sunt fagi cu ADN defectuos. Bacteria kappa este doar una dintre numeroasele bacterii care se găsesc în populațiile naturale de Paramecium aurelia. p243/4
