Cantonul Pérez Zeledón a fost înființat la 9 octombrie 1931. I s-au acordat 4 districte: Ureña, El General, Daniel Flores și Rivas. Ureña a fost capitala.
Primele așezări din Costa Rica
La sfârșitul secolului al XIX-lea, între 1870 și 1899, în valea El General trăiau câteva familii. Începând cu anul 1900, au fost populate cătunele (în spaniolă: Caseríos) El General, Palmares, Rivas și Ureña.
Caserío de Ureña a crescut mai mult. În 1911, în timpul guvernului lui Ricardo Jiménez Oreamuno, au fost create refugiile Ojo de Agua, El Cerro de la Muerte și División. Aceste refugii au avansat și mai mult creșterea regiunii.
Războiul civil din Costa Rica
San Isidro de El General, capitala lui Pérez Zeledón, a primit titlul de Ciudad Mártir. Acest lucru s-a datorat războiului civil din 1948 care a avut loc aici.
Decretul nr. 274 a dat titlul orașului. Acest decret a stabilit recunoașterea oficială a participării orașului la războiul civil din 1948. O secțiune a decretului prevede (în spaniolă):
la Junta Fundadora de la Segunda República, apreciind nobilul efort și contribuția valoroasă a lui San Isidro de El General, se simte obligată să facă o recunoaștere publică și oficială a unei conduite atât de josnice pentru ca, în nici un fel, ea să nu fie relegată în uitare, ci să fie mereu exaltată ca și cum ar merita marile fapte demne de viața eternă în posturile naționale.
Ceea ce în engleză s-ar traduce prin:
Grupul fondator al celei de-a doua Republici, apreciind efortul și contribuția lui San Isidro de El General, dorește să recunoască public și oficial acest comportament. Să fie lăudat în mod constant, așa cum lucrurile bune sunt demne de eternele laude naționale.
Pérez Zeledón a fost, de asemenea, locul unor bătălii majore în timpul Războiului Civil din Costa Rica. Una dintre bătălii a fost bătălia de la San Isidro de El General. S-a întâmplat în jurul orei 6:30. 200 de forțe guvernamentale s-au luptat cu rebelii în parcul central al orașului. Bătălia a fost câștigată de José Figueres Ferrer și rebelii săi. Această bătălie a asigurat rebelilor regiunea Pacificului de Sud din Costa Rica.
