Într-o lovitură de stat din octombrie 1965, armata a preluat puterea după ce a afirmat în mod fals că asasinarea mai multor generali de rang înalt a fost organizată de Partidul Comunist Indonezian. Acesta a fost începutul Noii Ordini a lui Suharto. Acest guvern a fost violent anticomunist. Pramoedya a fost șeful Organizației Culturale a Poporului, un grup literar legat de Partidul Comunist Indonezian. Prin urmare, regimul Noii Ordini l-a numit comunist și dușman al statului. În timpul violentei epurări anticomuniste din 1965-66, Pramoedya a fost arestat, bătut și încarcerat de guvernul lui Suharto. A fost numit deținut politic. Cărțile sale au fost interzise și a fost încarcerat fără proces, mai întâi în Nusa Kambangan, în largul coastei sudice a insulei Java, iar apoi în colonia penală Buru din insulele estice ale arhipelagului indonezian. .
I s-a interzis să scrie în timpul detenției pe insula Buru, dar a creat cea mai cunoscută serie de lucrări, Cvartetul Buru. Este o serie de patru romane de ficțiune istorică care relatează despre dezvoltarea naționalismului indonezian. Cărțile se bazează parțial pe propriile sale experiențe de copilărie. Titlurile în limba engleză ale cărților sunt: Buruu, B: This Earth of Mankind, Child of All Nations, Footsteps și House of Glass. Personajul principal al seriei se numește Minke. El este un membru minor al familiei regale javaneze. Personajul este asemănător cu un jurnalist indonezian numit Tirto Adhi Surjo. El a fost activ în mișcarea naționalistă.
Cvartetul include personaje feminine puternice de etnie indoneziană și chineză. Cărțile arată cât de greu a fost pentru acești oameni să trăiască sub dominația colonială. Au fost victime ale discriminării și atacurilor rasiste. Au luptat pentru independența politică personală și națională. Aceste cărți sunt tipice pentru o mare parte din scrierile lui Pramoedya. Ele relatează povești personale și se concentrează asupra unor indivizi prinși în mișcările istoriei unei națiuni.
Pramoedya făcuse cercetări pentru aceste cărți înainte de a fi trimis în lagărul de prizonieri de la Buru. Când a fost arestat, biblioteca sa a fost incendiată, iar o mare parte din colecția sa și din primele sale scrieri s-au pierdut. Pe insula Buru, colonia de prizonieri, nu i s-a permis nici măcar să aibă un creion. Pramoedya s-a gândit că va putea vreodată să scrie romanele pe hârtie. Le-a povestit poveștile din romane colegilor săi de închisoare. Ceilalți prizonieri au ascultat poveștile, apoi l-au ajutat. Ei făceau muncă suplimentară pentru ca Pramoedya să nu fie nevoit să muncească atât de mult. Așa că, în cele din urmă, a reușit să scrie romanele pe hârtie. Cărțile finale și-au luat numele, "Cvartetul Buru", de la închisoarea în care le-a creat. Acestea au fost adunate și publicate în limba engleză. Maxwell Lane le-a tradus. Ele sunt, de asemenea, în multe alte limbi. Până în 2005, ele au fost publicate în 33 de limbi (BIWP). Mulți oameni din afara Indoneziei au considerat că acestea erau cărți excelente. Au câștigat multe premii. Dar guvernul indonezian a interzis publicarea lor în Indonezia. Astfel, una dintre cele mai faimoase opere literare indoneziene a fost aproape imposibil de găsit de către locuitorii țării a căror istorie o aborda. Indonezienii din străinătate au scanat copii și le-au împărtășit pe internet cu oamenii din interiorul țării.
Lucrările lui Pramoedya despre Indonezia colonială au recunoscut importanța islamului ca vehicul al opoziției populare față de olandezi. Lucrările sale nu sunt despre religie și nu au teme religioase clare. El s-a opus celor care au folosit religia pentru a controla modul în care gândesc oamenii. Uneori, a scris în mod negativ despre cei pioși din punct de vedere religios.