Secolul al XVIII-lea
Anul 1795 a marcat începutul Republicii Batave. Unul dintre membrii noului guvern a fost Isaac Gogel. Acesta a sugerat înființarea unui nou muzeu național, asemenea muzeului francez Louvre. La 19 noiembrie 1798, guvernul a fost de acord cu acest muzeu.
La 31 mai 1800, noul muzeu a fost inaugurat. La început a fost cunoscut sub numele de Galeria Națională de Artă (în limba olandeză: Nationale Kunst-Galerij). Avea aproximativ 200 de picturi și alte obiecte. Acestea proveneau din colecțiile stadtholderilor olandezi.
secolul al XIX-lea
În 1806, Regatul Olandei a fost înființat de Napoleon Bonaparte. Acesta a înlocuit Republica Batavă. În 1808, muzeul s-a mutat la Amsterdam, la ordinul lui Ludovic Bonaparte. După mutare, au fost adăugate mai multe picturi. Printre acestea se număra Rondul de noapte de Rembrandt.
În 1863, a avut loc un concurs de proiecte pentru o nouă clădire a muzeului. Niciuna dintre propunerile depuse nu a fost selectată.
În 1876, a avut loc un nou concurs, iar de data aceasta a câștigat Pierre Cuypers. Proiectul său a fost un amestec de gotic și renascentist. Lucrările la noua clădire au început la 1 octombrie 1876. A fost inaugurată la 13 iulie 1885.[ dead lin k]
În 1890, o altă clădire a fost adăugată la mică distanță, la sud-vest de Rijksmuseum. Aceasta a fost construită din bucăți de clădiri demolate. De atunci, a devenit cunoscută sub numele de "clădirea cu fragmente". Este cunoscută și sub numele de "aripa sudică", iar în prezent (în 2013) este denumită aripa Philips.
Secolul XX
În 1906, sala pentru Rondul de noapte a fost reconstruită. Între anii 1920 și 1950 au fost făcute mai multe modificări. În anii 1960 au fost construite încăperi și etaje suplimentare. Alte modificări și reparații au fost făcute în 1984, 1995-1996 și 2000.
Aripa sudică a muzeului a fost reparată în 1996.
Secolul XXI
În decembrie 2003, clădirea principală a fost închisă pentru reparații. În timpul acestor reparații, aproximativ 400 de obiecte au putut fi încă vizualizate în aripa sudică. Printre acestea se numărau "Rondul de noapte" al lui Rembrandt și alte picturi din secolul al XVII-lea.
Reparațiile au fost finalizate la 16 iulie 2012. La 13 aprilie 2013, clădirea principală a fost redeschisă.