Oamenii au trăit în Salzburg din epoca de piatră nouă până în prezent. Cea mai veche descoperire din zona orașului este datată în jurul anului 4500 î.Hr. Începând cu anul 15 î.Hr. și după ocupația romană, orașul s-a numit Iuvavum. Orașul roman era situat în orașul vechi de astăzi, în jurul Waagplatz. Orașul a devenit un loc important dinspre est către provincia Germania. Romanii au plecat la începutul migrației barbare în jurul anului 500. Până în 696 se pot spune puține lucruri despre istorie. În 696 orașul a fost dăruit episcopului Rupert de către ducele Theodo al II-lea al Bavariei. Rupert a primit ordin de la duce să aducă creștinismul în estul și sud-estul țării sale. Rupert a fondat mănăstirea Sfântul Petru, iar pentru femei mănăstirea Nonnberg. 739 Salzburg a devenit sediul unui episcop, iar în 774 a fost construită prima catedrală. 998 Salzburg a devenit arhiepiscopie care conduce întreaga zonă bavareză.
În Evul Mediu, Salzburgul s-a îmbogățit datorită comerțului cu sare din Dürnberg, în apropiere, din Hallein. Până în secolul al XIV-lea, Salzburg a devenit independent de Bavaria și a fost un stat în cadrul Sfântului Imperiu Roman. Cetățenii din Salzburg se aflau sub comanda arhiepiscopului, spre deosebire de alte orașe din imperiu. În epoca barocă s-a conturat aspectul orașului de astăzi. Catedrala a fost reconstruită în stil baroc. Cei mai mulți arhitecți au venit din Italia. În 1622 a fost fondată o universitate. Din cauza faptului că era un stat catolic, protestanții aveau o poziție severă în Salzburg. Cu toate acestea, în 1731, protestanții care nu reveneau la credința catolică trebuiau să părăsească Salzburgul în opt zile.
La începutul secolului al XIX-lea, Napoleon Bonaparte a promovat Ducatul de Salzburg, care mai târziu a făcut parte din Regatul Bavariei. Apoi, Salzburg a fost anexat de Austria, a revenit la Bavaria și a fost împărțit între Bavaria și Austria. În 1918, Salzburg a devenit un stat federal al noii Republici Austria. În 1938, Germania a anexat Austria, iar Salzburg a devenit parte a Germaniei. În 1945, când Austria a devenit independentă de Germania, Salzburg a redevenit un stat federal.
