Lady Juliana a navigat înaintea celorlalte nave de condamnați și nu este întotdeauna considerată ca făcând parte din Flota a doua. Nava de aprovizionare Justinian nu a navigat cu navele de condamnați și a sosit înaintea acestora. HMS Guardian a pornit înaintea navelor de condamnați, dar s-a lovit de gheață după ce a părăsit Capul Bunei Speranțe, s-a întors în sudul Africii și a naufragiat pe coastă.
Surprize, Neptune și Scarborough au fost trimise de firma "Camden, Calvert & King". Aceștia au fost de acord să transporte, să îmbrace și să hrănească deținuții pentru o taxă de 17,7 lire sterline. 6d pe cap. Această taxă era plătită indiferent dacă deținuții debarcau morți sau vii. Această firmă se ocupase anterior cu transportul de sclavi în America de Nord. Singurele persoane guvernamentale de pe navă au fost agentul naval, locotenentul John Shapcote, și căpitanul gărzii; toate celelalte persoane din echipaj au fost furnizate de firmă.
A doua flotă a părăsit Anglia la 19 ianuarie 1790, cu 1.006 condamnați (928 de bărbați și 78 de femei). Au făcut o singură oprire pe drum, la Capul Bunei Speranțe. Aici au fost luați la bord 20 de condamnați de sex masculin, supraviețuitori de la Guardian. Cele trei nave au făcut o călătorie mai rapidă decât Prima Flotă, ajungând la Port Jackson în ultima săptămână din iunie 1790. Aceasta a fost la trei săptămâni după Lady Juliana și la o săptămână după nava de aprovizionare Justinian.
Călătoria a fost rapidă, dar rata de deces a fost cea mai mare din istoria transportului spre Australia. Din cei 1.026 de condamnați care au plecat, 267 (256 de bărbați și 11 femei) au murit în timpul călătoriei (26%).
Pe Neptune, deținuții nu primeau suficientă hrană, erau ținuți legați cu lanțuri și rareori erau lăsați să urce pe punte. Mulți dintre ei au făcut scorbut. Pe Scarborough, erau hrăniți, dar o tentativă de revoltă a dus la închiderea condamnaților sub punte.
Căpitanul William Hill, căpitanul gărzii, a scris mai târziu că căpitanii navelor nu îi hrăneau pe condamnați pentru a putea vinde mâncarea în altă țară. Aceștia doreau ca deținuții să moară repede, astfel încât să nu fie nevoiți să irosească mâncarea pe ei și să o poată păstra pentru a o vinde mai târziu.