A doua flotă este numele celui de-al doilea grup de nave trimise cu coloniști, deținuți și provizii la colonia din Sydney Cove, în Port Jackson, Australia. Flota a fost formată din șase nave: o escortă a Marinei Regale, patru nave de condamnați și o navă de aprovizionare.

Navele trebuiau să navigheze împreună spre Australia și să ajungă la Sydney Cove în 1789. Cu toate acestea, nava de escortă a naufragiat pe drum și nu a mai ajuns, iar o navă de condamnați a fost întârziată și a ajuns la două luni după celelalte nave.

Spre deosebire de Prima Flotă, unde s-au depus eforturi mari pentru a-i menține sănătoși pe condamnați, a doua flotă a fost condusă de întreprinderi private care i-au ținut pe condamnați în condiții îngrozitoare. Când au ajuns la Sydney, deținuții bolnavi au fost o povară pentru colonia deja în dificultate.