La început, Muhammad Ali a purtat război în numele sultanului otoman Mahmud al II-lea în Arabia și Grecia. Mai târziu, a intrat în conflict deschis cu Imperiul Otoman.
Prima sa campanie militară a fost o expediție în Peninsula Arabică. Orașele sfinte Mecca și Medina fuseseră capturate de Casa Saud, care susținea o formă de islamism numită wahhabism. Înarmat cu noul lor zel religios, Muhammad ibn Saud a început să cucerească părți ale Arabiei.
În timp ce principala armată otomană era ocupată în Europa, Mahmud al II-lea a apelat la Muhammad Ali pentru a recuceri teritoriile arabe. La rândul său, Muhammad Ali l-a desemnat pe fiul său, Tusun Pașa, să conducă o expediție militară în 1811. Campania a fost respinsă în Arabia; cu toate acestea, în 1812 a fost lansat un al doilea atac care a recucerit Hejaz. p43-44 După o campanie de doi ani, saudiții au fost zdrobiți și cea mai mare parte a familiei saudite a fost capturată. Liderul familiei, Abdullah ibn Saud, a fost trimis la Istanbul și executat. p48
Muhammad Ali și-a îndreptat apoi atenția către campanii militare concepute de el însuși, începând cu Sudanul, pe care îl vedea ca pe un plus valoros de teritoriu, aur și sclavi. La acea vreme, Sudanul nu avea o autoritate centrală reală și folosea arme primitive în luptele sale tribale.
În 1820, Muhammad Ali a trimis o armată de 5.000 de soldați, comandată de cel de-al treilea fiu al său, Ismail, în sudul Sudanului, cu intenția de a cuceri teritoriul și de a-l supune autorității sale. p51 Trupele lui Ali au pătruns în Sudan în 1821, dar au întâmpinat o rezistență acerbă. În cele din urmă, trupele și armele de foc egiptene au asigurat cucerirea Sudanului. Ali avea acum un avanpost de unde se putea extinde spre izvoarele Nilului în Etiopia și Uganda. Administrația sa a capturat sclavi din Sudan, care au fost apoi transformați într-un regiment de soldați de jos. Domnia dură a lui Ali în Sudan și a succesorilor săi imediați a dus în cele din urmă la lupta populară pentru independență a autoproclamatului Mahdi, Muhammed Ahmed, în 1881.
În timp ce Muhammad Ali își extindea autoritatea în Africa, Imperiul Otoman se confrunta cu rebeliuni etnice în teritoriile sale europene. Rebeliunea greacă împotriva dominației otomane a început în 1821. Armata otomană nu a reușit să înăbușe revolta, iar violențele etnice s-au extins până la Constantinopol. Sultanul Mahmud al II-lea i-a oferit lui Muhammad Ali insula Creta în schimbul sprijinului său în reprimarea revoltei.
Muhammed Ali a trimis 16.000 de soldați, 100 de mijloace de transport și 63 de nave de escortă sub comanda fiului său, Ibrahim Pașa. p71. Marea Britanie, Franța și Rusia au intervenit pentru a-i proteja pe greci. La 20 octombrie 1827, la Navarino, întreaga flotă egipteană a fost scufundată de flota europeană aliată sub comanda amiralului Edward Codrington (1770-1851). Muhammad Ali a suferit pierderea marinei sale competente și costisitoare. Cu flota sa distrusă, Egiptul nu a avut cum să își susțină forțele din Grecia și a fost nevoit să se retragă. În cele din urmă, campania l-a costat pe Muhammad Ali marina sa navală fără niciun câștig.
Pentru a compensa pierderile suferite de el și de Egipt, a fost pusă în mișcare cucerirea Siriei. Ca și alți conducători ai Egiptului înaintea sa, Ali dorea să controleze Levantul, atât pentru valoarea sa strategică, cât și pentru bogăția resurselor naturale. Siria nu numai că dispunea de resurse naturale abundente, dar avea și o comunitate comercială internațională înfloritoare, cu piețe bine dezvoltate în tot Levantul. Aceasta ar fi fost o piață captivă pentru bunurile produse acum în Egipt. Poate cel mai bine, Siria era de dorit ca stat tampon între Egipt și sultanul otoman.
A fost construită o nouă flotă, a fost ridicată o nouă armată, iar la 31 octombrie 1831, sub conducerea lui Ibrahim Pașa, invazia egipteană în Siria a dat startul primului război turco-egiptean. Egiptenii au cucerit cu ușurință cea mai mare parte a Siriei. Cea mai puternică și singura rezistență cu adevărat semnificativă a fost opusă în orașul-port Acre. Forțele egiptene au capturat în cele din urmă orașul după un asediu de șase luni. În timpul asediului, tulburările de pe frontul intern egiptean au crescut. Ali a fost nevoit să stoarcă tot mai mult din Egipt pentru a-și susține campania, iar poporul său s-a resemnat cu această povară sporită.
După căderea orașului Acre, armata egipteană a mărșăluit spre nord în Anatolia. În Bătălia de la Konya (21 decembrie 1832), Ibrahim Pașa a învins cu autoritate armata otomană condusă de Marele Vizir Reshid Pașa. Acum nu mai existau obstacole militare între forțele lui Ibrahim și Constantinopol însuși.
Pe parcursul campaniei, Muhammad Ali a urmărit cu atenție puterile europene. Temându-se de o altă intervenție care ar fi anulat toate câștigurile sale, a procedat încet și cu prudență. De exemplu, a continuat practica de a folosi numele sultanului la rugăciunile de vineri în teritoriile nou capturate. A continuat să pună în circulație monede otomane în loc să emită altele noi cu chipul său. p111 Atâta timp cât marșul lui Muhammad Ali nu amenința prăbușirea completă a statului otoman, puterile din Europa au rămas observatori pasivi.
În ciuda acestui spectacol, scopul lui Muhammad Ali era acum să-l înlăture pe actualul sultan otoman Mahmud al II-lea și să-l înlocuiască cu fiul sultanului, infantul Abdülmecid. Această posibilitate l-a alarmat atât de mult pe Mahmud al II-lea încât a acceptat oferta de ajutor militar din partea Rusiei. Acest lucru a dus la Tratatul de la Hünkâr İskelesi. p72 Câștigul Rusiei a consternat guvernele britanic și francez, așa că au lucrat pentru o soluție negociată. În mai 1833 a fost semnată Convenția de la Kutahya.
Termenii păcii au fost că Ali își va retrage forțele din Anatolia și va primi teritoriile din Creta și Hejaz ca despăgubire. Ibrahim Pașa urma să fie numit Wāli al Siriei. Cu toate acestea, acordul de pace nu i-a acordat lui Muhammad Ali un regat independent pentru el însuși, lăsându-l în urmă. p122
