"Owen: cel mai distins zoolog vertebrat și paleontolog... dar un om foarte înșelător și odios." Richard Broke Freeman (Charles Darwin: a Companion. Dawson 1978)
Owen și-a atribuit lui însuși și lui Georges Cuvier descoperirea Iguanodonului, excluzând complet orice credit pentru descoperitorul inițial al dinozaurului, Gideon Mantell. Aceasta nu a fost nici prima și nici ultima dată când Owen a revendicat în mod deliberat o descoperire ca fiind a sa, când, de fapt, nu era așa. În cele din urmă, Owen a fost demis din Consiliul Zoologic al Societății Regale pentru plagiat.
Owen a fost foarte critic la adresa lucrării lui Darwin "Despre originea speciilor", în parte pentru că Darwin nu a făcut prea multe referiri la teoriile științifice anterioare ale evoluției. În schimb, Darwin a comparat teoria evoluției prin selecție naturală cu teoria neștiințifică din Biblie.
Owen, în opinia lui Darwin, era "Spinos, extrem de răuvoitor, inteligent; londonezii spun că este nebun de invidie pentru că se vorbește atât de mult despre cartea mea". "Este dureros să fii urât în gradul intens cu care mă urăște Owen".
Owen a participat, de asemenea, la amenințarea de a pune capăt finanțării guvernamentale a colecției botanice a Grădinii Botanice Regale din Kew (a se vedea Joseph Dalton Hooker):
"La bază a stat sentimentul lui Owen că Kew ar trebui să fie subordonat British Museum (și lui Owen) și nu ar trebui să i se permită să se dezvolte ca o instituție științifică independentă, cu avantajul unei mari grădini botanice."
În prima parte a carierei sale, Owen a fost considerat, pe bună dreptate, una dintre marile personalități științifice ale epocii. În a doua parte a carierei sale, reputația sa a scăzut. Acest lucru nu s-a datorat doar înțelegerilor sale necinstite cu colegii, ci și erorilor grave de judecată științifică care au fost descoperite și făcute publice. Un bun exemplu a fost decizia sa de a clasifica omul într-o subclasă separată a mamiferelor (vezi Thomas Henry Huxley). În această privință, Owen nu a avut niciun susținător. De asemenea, reticența sa de a ieși de pe gard în ceea ce privește evoluția a devenit din ce în ce mai dăunătoare pentru reputația sa pe măsură ce timpul trecea.
Owen a continuat să lucreze și după ce s-a retras oficial, la vârsta de 79 de ani, dar nu și-a mai recăpătat niciodată părerile bune pe care le avusese în tinerețe.