Everton a început în 1878 cu numele St Domingo's FC. La început era doar pentru cei care frecventau biserica St Domingo, dar au fost atât de mulți oameni interesați încât au lăsat să se înscrie și persoane din zona locală. Un an mai târziu, clubul a fost redenumit Everton Football Club, după numele zonei. Primul meci din istorie al Everton Football Club a fost împotriva unei echipe numite St Peter's în 1879. Everton a câștigat cu 6-0.
Everton a intrat în Cupa Angliei în sezonul 1886/87. Au fost învinși cu 1-0 de Rangers în primul tur. Pe măsură ce fotbalul a devenit din ce în ce mai popular în Anglia, cluburile și-au dat seama că au nevoie de o ligă organizată. În 1888 a fost înființată Football League. Everton a fost unul dintre cei 12 membri fondatori. Preston North End a câștigat primele două ligi, iar Everton a câștigat a treia în 1891. Au câștigat al doilea trofeu din istorie, Cupa FA, în 1905, dar nu au mai câștigat altul până în 1916. Abia în 1927, Everton a avut prima perioadă de succes îndelungat. În 1925 l-au semnat pe Dixie Dean, iar în 1927 a marcat 60 de goluri în 39 de meciuri, stabilind un nou record mondial și ducând Everton la un nou titlu de campion. Everton a retrogradat în divizia a doua în 1930/1931. În decurs de un an au promovat din nou, iar clubul nu a mai retrogradat de atunci, cu excepția anului 1950/51 (care a dus la trei sezoane în eșalonul secund). Acest lucru îi face să fie echipa engleză de fotbal cu cele mai multe sezoane consecutive în prima ligă a fotbalului englez, în afară de Arsenal, care a fost în prima ligă fără întrerupere din 1919/20.
A doua perioadă de succes a lui Everton a venit după 1961, când Harry Catterick a fost numit manager. Cu Catterick la conducere, Everton a câștigat două titluri de campion și patru cupe între 1961 și 1970. Acest succes nu a durat însă, iar după trei ani de clasări slabe în campionat, Catterick și-a dat demisia. Clubul a terminat pe poziții de mijlocul clasamentului pentru restul anilor 1970, cu o serie de manageri nereușiți. În 1981, clubul l-a numit pe Howard Kendall în funcția de manager. Acesta a redresat Everton și a devenit în cele din urmă cel mai de succes manager din istoria clubului, câștigând două titluri de campion și trei cupe între 1981 și 1987. Această eră a adus, de asemenea, singurul titlu european al lui Everton, Cupa Cupelor în 1985. Au câștigat finala cu 3-1 împotriva echipei austriece Rapid Viena. În semifinală, Everton a învins campioana Germaniei, Bayern Munchen, cu 3-1, un meci votat drept cel mai bun din toate timpurile pe Goodison Park.
În 1985, mai mulți fani ai lui Liverpool și Juventus au murit când mulțimea a început să se bată pe un stadion din Heysel, Belgia. UEFA a decis că fanii lui Liverpool erau principalii vinovați. Din acest motiv, toate cluburile englezești nu au fost autorizate să joace împotriva echipelor europene până în 1991. Acest lucru a privat Everton de șansa de a-și apăra titlul european, iar echipa s-a destrămat treptat, vânzând mulți dintre cei mai buni jucători ai săi la alte cluburi europene. Clubul nu s-a descurcat foarte bine la începutul anilor '90, fiind aproape retrogradată de două ori și trecând prin multe probleme financiare. Cu toate acestea, a devenit totuși unul dintre primii membri ai noului campionat englez de fotbal, atunci când acesta a început în 1992. Au avut destul de mult succes sub conducerea managerului Joe Royle,care a preluat echipa în 1994. În cel de-al doilea sezon la conducere, a ținut Everton departe de retrogradare și a câștigat Cupa FA, primul trofeu al clubului în șapte ani. Clubul a avut o îmbunătățire constantă sub conducerea lui Royle, terminând pe locurile 6 și 7 în sezoanele 1996 și 1997.
După două sezoane, însă, performanțele clubului au luat-o la vale, iar Kendall a fost demis după ce abia a evitat retrogradarea în sezonul 1998-99. Fostul jucător Walter Smith a preluat echipa pentru trei sezoane, dar nu a reușit să obțină performanțe. A cheltuit mulți bani, dar nu a adus echipa pe poziții bune în campionat. David Moyes a preluat echipa în 2002 și a fost unul dintre cei mai de succes manageri ai clubului până în prezent. Sub conducerea sa, clubul a devenit o echipă obișnuită de top 10, terminând pe locul 4 în 2005, cea mai bună clasare din Premier League. Acest loc 4 a însemnat calificarea în sezonul următor al UEFA Champions League. A părăsit echipa în 2013, după 11 ani.
Sub conducerea sa, Wayne Rooney a fost adus în prima echipă și a fost vândut rapid la Manchester United pentru 28 de milioane de lire sterline, o sumă record pentru club. Din 2005, Everton s-a clasat în mod regulat în primele 8 locuri, a ajuns în 2007 în 16-imile de finală ale Cupei UEFA și a fost finalistă în finala Cupei Angliei din 2009. De asemenea, Moyes a doborât din nou recordul de transferuri în 2008, prin semnarea lui Marouane Fellaini.
La finalul sezonului 2012-2013, Moyes a părăsit clubul pentru Manchester United. El a fost înlocuit de Roberto Martínez. Acesta a condus-o pe Everton până în semifinalele Cupei EFL și ale Cupei Angliei în 2015-16. A fost demis cu două meciuri înainte de finalul sezonului din cauza performanțelor slabe.
El a fost înlocuit în vara anului 2016 de Ronald Koeman. În primul său sezon la club, a condus echipa până în faza grupelor din Europa League, după ce în sezonul precedent din Premier League terminase pe locul 7. A fost demis în sezonul următor, după ce a lăsat clubul în zona retrogradării.
