Teoria pompei de Sahara încearcă să explice cum s-au mutat plantele și animalele din Africa în Orientul Mijlociu și apoi în Europa și Asia.

La acea vreme, Africa era mai ploioasă decât este astăzi, iar Sahara era mai umedă, cu lacuri mai mari și mai multe râuri.

Perioadele ploioase din Africa sunt asociate cu o fază "Sahara umedă", în timpul căreia există lacuri mai mari și mai multe râuri. Acest lucru determină schimbări în tipul de animale întâlnite în zonă.

Indiferent de ariditatea Saharei Mari, migrația de-a lungul coridorului fluvial a fost oprită atunci când, în timpul unei faze deșertice de acum 1,8-0,8 milioane de ani, Nilul a încetat să curgă complet și, probabil, a curs doar temporar în alte perioade, din cauza ridicării Nubian Swell.

În timpul perioadelor cu Sahara umedă, Sahara și Arabia devin o pajiște de savană, iar flora și fauna africană devin comune. În timpul următoarei perioade uscate, Sahara revine la condiții deșertice, de obicei ca urmare a retragerii musonului vest-african spre sud. Evaporarea depășește precipitațiile, nivelul apei din lacuri, cum ar fi Lacul Ciad, scade, iar râurile se transformă în wadiuri uscate.

Flora și fauna, care înainte erau foarte răspândite, se retrag spre nord până în Munții Atlas, spre sud în Africa de Vest sau spre est în Valea Nilului și de acolo fie spre sud-est în munții Etiopiei și în Kenya, fie spre nord-est, prin Sinai, până în Asia. Acest lucru separă populațiile unora dintre specii în zone cu climă diferită, forțându-le să se adapteze, ceea ce poate da naștere la speciație (divizarea speciilor).

Pompa sahariană a fost folosită pentru a data patru valuri de emigrație umană din Africa, și anume: