În 1989, Soundgarden a lansat primul album pentru o casă de discuri majoră, A&M Records. Louder Than Love a devenit primul album al trupei care a intrat în topul Billboard200. Acesta a ajuns pe locul 108 în clasament în 1990. Trupa a susținut albumul cu turnee în America de Nord și Europa.
Cu o lună înainte de începerea turneului pentru Louder Than Love, basistul Hiro Yamamoto a plecat pentru a se întoarce la facultate. Yamamoto era nefericit deoarece simțea că nu era suficient de important pentru trupă. Fostul basist al trupei Nirvana, Jason Everman, i-a luat locul pentru acest turneu. Everman a fost concediat imediat după ce Soundgarden s-a întors din Europa la mijlocul anului 1990. Un EP Loudest Love și compilația video Louder Than Live, au fost lansate în 1990. Videoclipul prezintă cinci piese live realizate în timpul turneului Louder Than Love.
Badmotorfinger: 1990-1993
Basistul Ben Shepherd s-a alăturat trupei Soundgarden în 1990. Următorul lor album, Badmotorfinger, a fost lansat în 1991. Acesta a avut un oarecare succes, ajungând pe locul 39 în clasamentul albumelor. Dar a primit mai puțină atenție din cauza succesului surpriză al albumului Nevermind al trupei Nirvana, lansat în aceeași lună cu Badmotorfinger. Două single-uri au fost difuzate la posturile de radio alternative și la MTV.
Primul single de pe Badmotorfinger, "Jesus Christ Pose", a primit o atenție negativă atunci când MTV a interzis videoclipul său în 1991. Mulți ascultători au fost indignați de cântec și de videoclipul acestuia, numindu-l anti-creștin. Trupa a primit amenințări cu moartea în timp ce se afla în turneu în Marea Britanie pentru susținerea albumului. Badmotorfinger a fost nominalizat la premiul Grammy pentru cea mai bună interpretare metalică în 1992.
După un turneu în America de Nord în 1991, trupa a cântat în deschiderea turneului "Use Your Illusion Tour" al trupei Guns N' Roses în America de Nord. După mai multe turnee de promovare a albumului, s-au alăturat din nou trupei Guns N' Roses în vara anului 1992, în Europa, în cadrul turneului "Use Your Illusion Tour", alături de o altă trupă de deschidere, Faith No More. Trupa a participat la turneul Lollapalooza din 1992 alături de Red Hot Chili Peppers, Pearl Jam și Ministry.
Trupa a lansat ulterior o compilație video Motorvision. Aceasta a fost realizată în 1992 la Teatrul Paramount. Tot în acel an, au apărut în filmul Singles. Au apărut interpretând piesa "Birth Ritual". Piesa a apărut pe coloana sonoră, la fel ca și un cântec solo al lui Chris Cornell, "Seasons".
Superunknown: 1994-1995
Soundgarden a lansat Superunknown în 1994. A devenit cel mai bine vândut album al trupei, în parte datorită single-urilor populare "Black Hole Sun", "Spoonman", "My Wave" și "Fell on Black Days". La lansarea sa în martie 1994, Superunknown a debutat pe prima poziție în topul Billboard 200 al albumelor.
Versurile cântecelor erau întunecate și triste; o mare parte dintre ele par să vorbească despre abuzul de substanțe, sinucidere și depresie. Recenzentul J.D. Considine de la Rolling Stone a declarat că Superunknown "demonstrează o gamă mult mai mare decât reușesc multe trupe într-o întreagă carieră". De asemenea, el a declarat: "În cea mai bună parte, Superunknown oferă o descriere mai sfâșietoare a alienării și disperării decât orice altceva de pe In Utero".
Videoclipul piesei "Black Hole Sun" a primit premiul MTV Video Music Award pentru "Best Rock Video|Best Metal/Hard Rock Video" în 1994. Soundgarden a câștigat două premii Grammy în 1995; "Black Hole Sun" a primit premiul pentru cea mai bună interpretare Hard Rock, iar "Spoonman" a primit premiul pentru cea mai bună interpretare Metal.
Jos pe partea de sus: 1996-1997
După un turneu mondial de promovare a albumului Superunknown, membrii trupei au început să lucreze la ceea ce avea să devină ultimul lor album de studio după mai bine de 15 ani. Acesta a fost lansat în 1996. De pe album au fost lansate patru single-uri: "Pretty Noose", "Blow Up the Outside World", "Burden in My Hand" și "Ty Cobb".
Muzica a fost mai puțin heavy metal și mai puțin grunge decât pe albumele anterioare ale grupului. Membrii trupei au declarat că au vrut să experimenteze cu alte sunete. Într-o recenzie, David Browne de la Entertainment Weekly a spus: "Puține trupe de la Led Zeppelin încoace au amestecat atât de clar instrumentele, atât cele acustice, cât și cele electrice". Cu toate acestea, scrierea și înregistrarea albumului au fost stresante pentru grup. Thayil și Cornell păreau să nu se pună de acord asupra unei schimbări față de riff-urile grele de chitară care deveniseră marca înregistrată a trupei. Albumul a primit recenzii favorabile, dar nu s-a vândut la fel de bine ca Superunknown.
Trupa a cântat în turneul Lollapalooza din 1996 alături de Metallica, care îi solicitase să apară. După Lollapalooza, trupa a plecat într-un turneu mondial. Tensiunile au continuat să crească în timpul turneului. Când a fost întrebat dacă trupa ura turneele, Cornell a spus: "Ne place foarte mult până la un punct și apoi devine plictisitor, pentru că devine repetitiv. Simți că fanii și-au plătit banii și se așteaptă ca tu să vii și să le cânți melodiile tale ca prima dată când le-ai cântat. Acesta este punctul în care urâm turneele." La ultima oprire a turneului, în Honolulu, Hawaii, pe 9 februarie 1997, Shepherd și-a aruncat chitara bas în aer, frustrat, după ce echipamentul său s-a defectat. Apoi a ieșit furtunos de pe scenă. Trupa a părăsit apoi și ea scena, dar Cornell s-a întors pentru a cânta un solo ca bis.
