Se face o distincție între taxonomie și sistematică. Sistematica se referă la modul în care grupurile se raportează între ele. Taxonomia se ocupă de crearea grupurilor (taxoni), hotărând ce aparține unui grup. Taxonomia este cunoscută și sub numele de clasificare.
O parte specială a taxonomiei este nomenclatura. Aceasta constă în reguli privind numele care trebuie folosite. Astfel, un taxonomist decide mai întâi ce aparține și ce nu aparține unui grup, iar apoi folosește nomenclatura pentru a decide ce nume ar trebui să aibă acest grup. În cazul în care un grup este mărit sau mărit, acesta poate primi un nume diferit. Pe de altă parte, același nume se poate referi la un taxon mai mare (conform unui anumit taxonomist) sau la un taxon mai mic (conform unui alt taxonomist). Acest lucru înseamnă că denumirile științifice nu sunt garantate ca fiind stabile. Majoritatea denumirilor sunt stabile, dar pentru unii taxoni nu există un acord asupra denumirii lor, deoarece taxonomiștii nu sunt de acord asupra a ceea ce aparține și ceea ce nu aparține.
Un taxonomist poate decide singur ce motive științifice adoptă pentru a crea un grup (un taxon). Dacă nu este convingător în alegerea sa, ceilalți taxonomiști nu vor fi de acord cu el și atunci vor face alte aranjamente. În zilele noastre, clasificarea biologică se presupune că se face în principal în funcție de relațiile evolutive (filogenetice), în măsura în care acestea sunt cunoscute.
