Cristofor Columb a văzut această insulă pe 6 decembrie 1492 și a vizitat-o pe 14 decembrie. El a numit insula La Tortuga, care în spaniolă înseamnă "Broasca țestoasă", deoarece are forma unei broaște țestoase, atunci când este văzută din mare.
Spaniolii nu erau interesați de Insula Tortuga, deoarece încercau să formeze o colonie pe marea insulă Hispaniola. Astfel, această insulă a fost lipsită de oameni în cea mai mare parte a secolului al XVI-lea.
Oameni din diferite țări europene, în special din Anglia, au venit să locuiască pe această insulă. În 1625, francezii au venit pe această insulă de pe insula Saint Kitts. Aceștia au trăit în partea de sud a insulei, unde există terenuri plate, și au încercat să cultive unele plante, cum ar fi tutunul. De asemenea, au mers în Hispaniola, pe care o numeau la Grande Terre ("Țara Mare") pentru a vâna vaci și porci sălbatici și, deoarece foloseau o tehnică de gătit Taíno cu fum, cunoscută sub numele de "boucan", au fost cunoscuți sub numele de boucaniers ("buccaneers"). Aceștia vindeau carnea afumată și pielea (piele uscată folosită la confecționarea încălțămintei și a hainelor) acelor nave care veneau pe insulă.
Spaniolii au încercat să îi scoată pe acești oameni de pe insulă și au invadat insula de mai multe ori, dar de fiecare dată s-au întors în Hispaniola și insula Tortuga a fost ocupată din nou. În 1640, un inginer francez pe nume Jean La Vasseur a fost trimis să guverneze Tortuga. El a construit Fort de Rocher [1640]. La Vasseur a deschis portul pentru nelegiuiții din toate națiunile.
Din insula Tortuga, oamenii au început să se mute în partea de nord a Hispaniola, în special în zonele din jurul marilor câmpii, fondând orașe precum Port-de-Paix (1665), Cap-Français (1670) și Fort-Dauphin (1731). Apoi, insula Tortuga și-a pierdut importanța și foarte puțini oameni au trăit aici după acei ani, inclusiv astăzi.