Toate rundele din faza finală sunt cu două manșe, cu excepția finalei. În cazul în care scorurile cumulate sunt egale după timpul regulamentar din manșa secundă, echipa câștigătoare va fi cea care a marcat mai multe goluri în deplasare: dacă scorurile din cele două meciuri au fost identice, se joacă prelungiri. Regula golurilor marcate în deplasare se aplică și în cazul în care scorul este egal la finalul prelungirilor. În cazul în care nu se înscrie niciun gol în prelungiri, departajarea se face la loviturile de departajare. Echipa care iese prima din pălărie în fiecare meci de baraj joacă prima manșă acasă, iar a doua în deplasare.
Suport
Șablon:UCBracket
Runda de 32
Tragerea la sorți pentru turul 32, care a fost efectuată de secretarul general al UEFA, David Taylor, și de Michele Centenaro, șeful UEFA pentru competiții de club, a avut loc vineri, 21 decembrie 2007, la ora 13:00 CET, la Nyon, Elveția. Cele opt câștigătoare ale grupelor au fost trase la sorți împotriva celor opt echipe clasate pe locul al treilea, în timp ce cele opt echipe clasate pe locul al doilea au fost trase la sorți împotriva celor opt echipe care au terminat pe locul al treilea în grupele Ligii Campionilor. Echipele din aceeași grupă sau din aceeași țară nu pot fi trase la sorți împreună.
Primele manșe s-au disputat la 13 și 14 februarie 2008. A doua manșă a avut loc la 21 februarie 2008.
| Echipa 1 | Agg. | Echipa 2 | Prima etapă | Etapa a 2-a |
| Aberdeen  | 3-7 | Bayern Munchen | 2-2 | 1-5 |
| AEK Atena .png) | 1-4 | Getafe | 1-1 | 0-3 |
| Bolton Wanderers .png) | 1-0 | Atlético Madrid | 1-0 | 0-0 |
| Zenit Sankt Petersburg  | 2-2 (a) | Villarreal | 1-0 | 1-2 |
| Galatasaray  | 1-5 | Bayer Leverkusen | 0-0 | 1-5 |
| Anderlecht .svg.png) | 3-2 | Bordeaux | 2-1 | 1-1 |
| Brann  | 1-8 | Everton | 0-2 | 1-6 |
| Zürich  | 1-3 | Hamburg | 1-3 | 0-0 |
| Rangers  | 1-1 (a) | Panathinaikos | 0-0 | 1-1 |
| PSV Eindhoven  | 4-1 | Helsingborg | 2-0 | 2-1 |
| Slavia Praga  | 2-3 | Tottenham Hotspur | 1-2 | 1-1 |
| Rosenborg  | 1-3 | Fiorentina | 0-1 | 1-2 |
| Sporting CP  | 5-0 | Basel | 2-0 | 3-0 |
| Werder Bremen  | 4-0 | Braga | 3-0 | 1-0 |
| Benfica  | 3-2 | Nürnberg | 1-0 | 2-2 |
| Marsilia  | 3-2 | Spartak Moscova | 3-0 | 0-2 |
Turneul 16
Tragerea la sorți pentru 16-imile de finală, care a fost efectuată de secretarul general al UEFA, David Taylor, a avut loc tot vineri, 21 decembrie 2007, la ora 13:00 CET, la Nyon, Elveția. Primele manșe s-au disputat la 6 martie 2008. Meciurile retur s-au disputat la 12 și 13 martie 2008. Spre deosebire de rundele anterioare, echipele din aceeași grupă sau țară pot fi trase la sorți împreună începând cu 16-imile de finală.
| Echipa 1 | Agg. | Echipa 2 | Prima etapă | Etapa a 2-a |
| Anderlecht .svg.png) | 2-6 | Bayern Munchen | 0-5 | 2-1 |
| Rangers  | 2-1 | Werder Bremen | 2-0 | 0-1 |
| Bolton Wanderers .png) | 1-2 | Sporting CP | 1-1 | 0-1 |
| Bayer Leverkusen  | 3-3 (a) | Hamburg | 1-0 | 2-3 |
| Benfica  | 1-3 | Getafe | 1-2 | 0-1 |
| Fiorentina  | 2-2 (4-2p) | Everton | 2-0 | 0-2 (aet) |
| Tottenham Hotspur .png) | 1-1 (5-6p) | PSV Eindhoven | 0-1 | 1-0 (aet) |
| Marsilia  | 3-3 (a) | Zenit Sankt Petersburg | 3-1 | 0-2 |
Sferturile de finală
Tragerea la sorți pentru sferturile de finală, semifinalele și finala, care a fost efectuată de secretarul general al UEFA, David Taylor, și de Denis Law, ambasadorul finalei de la Manchester, a avut loc vineri, 14 martie 2008, la ora 14:00 CET, la Nyon, Elveția. Primele manșe ale sferturilor de finală s-au disputat la 3 aprilie, iar manșele secunde la 10 aprilie 2008.
| Echipa 1 | Agg. | Echipa 2 | Prima etapă | Etapa a 2-a |
| Bayer Leverkusen  | 2-4 | Zenit Sankt Petersburg | 1-4 | 1-0 |
| Rangers  | 2-0 | Sporting CP | 0-0 | 2-0 |
| Bayern Munchen  | 4-4 (a) | Getafe | 1-1 | 3-3 (aet) |
| Fiorentina  | 3-1 | PSV Eindhoven | 1-1 | 2-0 |
Semifinalele
Meciurile din semifinale s-au disputat la 24 aprilie și 1 mai 2008.
| Echipa 1 | Agg. | Echipa 2 | Prima etapă | Etapa a 2-a |
| Bayern Munchen  | 1-5 | Zenit Sankt Petersburg | 1-1 | 0-4 |
| Rangers  | 0-0 (4-2p) | Fiorentina | 0-0 | 0-0 (aet) |
Final
Finala a fost disputată de echipa rusă Zenit Sankt Petersburg și de formația scoțiană Rangers pe 14 mai 2008, pe stadionul City of Manchester din Manchester, Anglia. Zenit s-a impus cu 2-0, cu golurile lui Igor Denisov și Konstantin Zyryanov, marcate în ultimele 20 de minute ale meciului, oferindu-i lui Zenit primul său titlu în Cupa UEFA.
Noaptea a fost marcată de revolte provocate de o minoritate de suporteri ai lui Rangers în centrul orașului Manchester.
| Zenit Sankt Petersburg  | 2 - 0 | Rangers |
| Denisov 72' Zyryanov 90+4' | (Raport) | |
Arbitru: Peter Fröjdfeldt (Suedia)
| Cupa UEFA 2007-08 Câștigător |
| .png) |
| FC Zenit Sankt Petersburg Primul titlu |