Johannes Peter Müller (14 iulie 1801 - 28 aprilie 1858), a fost un fiziolog, anatomist comparat, ihtiolog și herpetolog german. În 1833 a devenit profesor de fiziologie la Universitatea din Berlin.
În ultima parte a vieții sale, s-a dedicat în principal anatomiei comparate. Peștii și nevertebratele marine au fost subiectele sale preferate. A efectuat 19 călătorii în Marea Baltică și Marea Nordului, în Marea Adriatică și în Marea Mediterană pentru a studia viața din apele sărate.
Este autorul unei lucrări cuprinzătoare despre anatomia amfibienilor, care în epoca sa includea și reptilele. De asemenea, a descris mai multe specii noi de șerpi.
Müller a fost mentorul unor distinși fiziologi și biologi, printre care Hermann von Helmholtz, Emil du Bois-Reymond, Theodor Schwann, Friedrich Gustav Jakob Henle, Carl Ludwig și Ernst Haeckel. În 1834, a fost ales membru străin al Academiei Regale Suedeze de Științe. În 1854 a primit Medalia Copley a Societății Regale.