Flamsteed este amintit și pentru conflictele sale cu Isaac Newton, președintele Societății Regale la acea vreme. Flamsteed refuza să publice lucrări comandate de rege, astfel că, în 1712, Newton și Edmond Halley au publicat o versiune preliminară a lucrării Historia Coelestis Britannica a lui Flamsteed. Ei au făcut acest lucru fără să îl crediteze pe autor.
Câțiva ani mai târziu, Flamsteed a reușit să cumpere mai multe exemplare ale cărții și le-a ars public în fața Observatorului Regal. Cu toate acestea, denumirile numerice ale stelelor din această carte sunt încă folosite și sunt cunoscute sub numele de denumirile Flamsteed.
În 1725, versiunea proprie a lui Flamsteed, Historia Coelestis Britannica, a fost publicată postum, editată de soția sa, Margaret. Aceasta conținea observațiile lui Flamsteed și includea un catalog de 2.935 de stele cu o precizie mult mai mare decât orice altă lucrare anterioară. Aceasta a fost considerată prima contribuție semnificativă a Observatorului din Greenwich. În 1729, soția sa a publicat Atlasul Coelestis, asistat de Joseph Crosthwait și Abraham Sharp, care au fost responsabili de partea tehnică.