Gagra a fost înființată ca o colonie grecească. În timpul domniei Regatului Colchis, aceștia au numit-o Triglite.
În timpul Imperiului Roman, orașul a fost redenumit Nitica. Din cauza importanței sale geografice și comerciale, a fost atacat în repetate rânduri de goți. Cu toate acestea, romanii nu l-au neglijat. L-au fortificat bine. După romani, Imperiul Bizantin a preluat controlul asupra întregului Colchis, inclusiv asupra Nitica. Aceasta a devenit un important centru comercial pentru negustorii din Veneția și Genova. Numele "Gagra" a apărut pentru prima dată pe o hartă în 1308. Aceasta se afla pe o hartă a Caucazului realizată de italianul Pietro Visconti. Această hartă se află în prezent în Biblioteca Sfântului Marcu din Veneția.
Gagra în cadrul Imperiului Rus
În secolul al XVI-lea, Gagra făcea parte din Georgia. A fost invadată de Imperiul Otoman. Din cauza sărăciei și a bolilor, cei mai mulți dintre locuitorii săi au plecat. După victoria Rusiei asupra otomanilor în 1878, Rusia a reconstruit orașul.
Gagra în Uniunea Sovietică
În 1919, Vladimir Lenin a înființat la Gagra o "stațiune muncitorească". El a naționalizat stațiunea care fusese construită de Oldenburg. Apoi, Gagra a devenit o stațiune de vacanță populară pentru cetățenii sovietici. În timpul celui de-al Doilea Război Mondial, a căpătat un nou rol ca loc de reabilitare a soldaților răniți. După război, au fost construite acolo diverse sanatorii de stat. Stațiunea a crescut și s-a dezvoltat rapid ca parte a "Rivierei sovietice".
Gagra în Abhazia post-sovietică
La sfârșitul anilor 1980, au crescut tensiunile între comunitățile georgiene și abhaze din regiune. Războiul a început între 1992 și 1993. Acesta s-a încheiat cu o înfrângere a forțelor guvernului georgian. Sute de mii de etnici georgieni au fost forțați să își părăsească locuințele din Abhazia. Acest lucru a făcut parte dintr-o epurare etnică în masă, în care mii de civili georgieni au fost masacrați. Gagra și capitala abhaziană Sukhumi s-au aflat în centrul luptelor și au suferit pagube importante.
După 1993, Gagra s-a aflat sub ocupație rusă și sub controlul formațiunilor armate separatiste.