Peștii-păianjen sunt craniate din superclasa Cyclostomata, clasa Myxini. Peștele Hagfish nu are schelet, cu excepția craniului, care este alcătuit din cartilaj.
Din acest motiv, mulți cercetători consideră că Myxini nu ar trebui să facă parte din subfilo Vertebrata. Cu toate acestea, datorită aripioarelor și branhiilor, sunt numiți pești. Ei sunt marini, ceea ce înseamnă că trăiesc în mare.
Clasificarea originală din secolul al XIX-lea grupează peștii-cârtiță și lampiile împreună ca ciclostomi (sau, din punct de vedere istoric, Agnatha), ca cea mai veche clasă de vertebrate supraviețuitoare, alături de gnathostomi . O schemă alternativă propunea că vertebratele cu fălci sunt mai strâns înrudite cu lampreii decât cu peștii-cârtiță, astfel încât vertebratele includ lampreii, dar exclud peștii-cârtiță.
Probele ADN recente susțin schema inițială.

