Microbiologia medicală, cunoscută și sub numele de '''microbiologie clinică''', este studiul microbilor, cum ar fi bacteriile, virușii, ciupercile și paraziții, care provoacă boli umane și rolul lor în boală.

Microbii și ramura microbiologiei sunt cele mai studiate datorită importanței lor deosebite pentru medicină.

Microbiologia medicală studiază dezvoltarea și evoluția bolii infecțioase la un pacient și în populația umană (epidemiologie). Este legată de studiul patologiei și imunologiei bolilor. Este o ramură a medicinei și a microbiologiei și include cinci științe: bacteriologia, virologia, parazitologia, imunologia și micologia.