Teoria germenilor este o teorie din domeniul biologiei. Aceasta susține că organismele mici (numite germeni), cunoscute și sub numele de microbi, provoacă boli. Cele mai multe, dar nu toate bolile sunt boli infecțioase. Teoria germenilor afirmă că organismele mici provoacă o reacție în corpul celor care sunt infectați. Reacția organismului la infecție se numește boală.

Mulți oameni de știință și medici din istorie și-au dat seama că bolile sunt cauzate de organisme microscopice. Chiar și după ce a fost inventat microscopul, oamenii încă nu știau că germenii cauzează boli. Oamenii au crezut multă vreme că "aerul rău" de la gropile de gunoi urât mirositoare și de la carnea în putrefacție era cauza bolilor. Așa că oamenii credeau că acoperindu-și gura și nasul cu o cârpă ar ajuta la filtrarea "aerului rău". Oamenii de știință și medicii foloseau usturoi și parfumuri pentru a alunga aerul rău. Dar oamenii tot se îmbolnăveau și chiar mureau, deci această teorie era greșită. Aerul poluat nu este cauza bolilor.

Una dintre problemele vechilor teorii ale bolii era că oamenii credeau că ființele vii sunt generate spontan. Generația spontană este atunci când ceva precum o muscă crește dintr-o mică bucată de carne mirositoare. Această veche teorie se numește abiogeneză. În secolul al XVII-lea, Francesco Redi (18 februarie 1626 - 1 martie 1697) a descoperit că muștele depun ouă care devin viermi. Înainte de acest lucru, oamenii credeau că viermii proveneau din carnea în putrefacție. El a descoperit acest lucru închizând niște carne într-un borcan și urmărind-o. Nu a găsit viermi pe carnea sigilată. De asemenea, a pus niște carne într-un borcan și a acoperit-o cu tifon. Viermii au fost găsiți pe tifon, dar nu și în interiorul borcanului. Dar când a pus carnea într-un borcan deschis, a găsit viermi pe carne și în interiorul borcanului. Experimentele de acest fel au dovedit că viermii provin de la muștele care depun ouă, nu de la carnea în putrefacție. Mai târziu, oamenii de știință aveau să demonstreze că bolile nu provin din aer. Bolile se răspândesc prin infecție.