Metanogenii sunt microorganisme care produc metan ca produs metabolic secundar în condiții anoxice. Organismele sunt archaea, un domeniu diferit de cel al bacteriilor. Acestea sunt comune în zonele umede, unde produc gaz de mlaștină.
Metanogenii sunt, de asemenea, comuni în tractul digestiv al animalelor, cum ar fi rumegătoarele și oamenii. Metanul este adesea expulzat.
În sedimentele marine, metanul este produs atunci când nivelul de sulfați este scăzut. Acest lucru se întâmplă sub straturile superioare. Populațiile de archaea metanogene joacă un rol important în tratarea anaerobă a apelor uzate. Unele metanogene sunt extremofile, întâlnite în medii precum izvoarele termale și gurile hidrotermale submarine, precum și în roca "solidă" a scoarței terestre, la kilometri sub suprafață.
Metanogenii transformă acidul acetic în metan într-un proces de fermentare. Nu le confundați cu metanotrofele, care utilizează metanul pentru a-și satisface nevoile de carbon și energie.