La 5 iunie 1964, Khomeini a fost arestat și trimis în exil. A fost exilat în Irak, Turcia și apoi în Franța. Khomeini a ținut numeroase discursuri în Franța împotriva lui Mohammad Reza Pahlavi, ultimul șah al Iranului. La 16 ianuarie 1979, Pahlavi a părăsit Iranul. Două săptămâni mai târziu, la 1 februarie, Khomeini s-a întors în Iran.
A primit o educație religioasă tradițională în Qom (oraș din Iran). Când a locuit în Najaf (un oraș sfânt din Irak) timp de câțiva ani, a vorbit despre ideile islamului despre guvern. În acea perioadă, și-a rafinat teoria sa despre velayat-e faqih ("guvernul juristului").
La 11 februarie 1979, Khomeini l-a numit pe primul său prim-ministru, Medhi Bazargan. La 30 martie 1979 a avut loc un referendum în Iran și, ca urmare, monarhia a fost înlocuită cu o republică islamică. După Revoluția Islamică, Khomeini a devenit liderul suprem al Iranului.
Rushdie fatwa
La începutul anului 1989, Khomeini a emis o fatwā prin care le cerea musulmanilor să-l ucidă pe Salman Rushdie și pe "toți cei implicați în publicarea" cărții sale intitulate Versetele satanice. Rushdie nu a fost ucis niciodată. Cu toate acestea, traducătorul japonez al cărții a fost înjunghiat mortal în 1991.
