York a avut o prezență creștină încă din anii 300. Prima biserică de pe acest loc a fost o structură de lemn construită în grabă în 627 pentru a oferi un loc de botez pentru Edwin, regele Northumbriei. O clădire de piatră a fost finalizată în 637 și a fost dedicată Sfântului Petru. Școala și biblioteca au fost înființate în secolul al VII-lea.
În anul 741, biserica a fost distrusă într-un incendiu. A fost reconstruită ca o clădire mai mare, cu treizeci de altare. Biserica și întreaga zonă au trecut apoi prin mâinile invadatorilor nordici. Arhiepiscopul benedictin Ealdred a călătorit la Westminster pentru a-l încorona pe William în 1066. Ealdred a murit în 1069 și a fost înmormântat în biserică.
Biserica a fost deteriorată în 1069, dar primul arhiepiscop normand, sosit în 1070, a organizat reparații. Danezii au distrus biserica în 1075, dar aceasta a fost din nou reconstruită începând cu 1080. Construită în stil normand, avea o lungime de 111 m (364,173 ft). Noua structură a fost avariată de un incendiu în 1137, dar a fost reparată în curând. Corul și cripta au fost remodelate în 1154 și a fost construită o nouă capelă, toate în stil normand.
Stilul gotic în catedrale a apărut la mijlocul secolului al XII-lea. Walter de Gray a fost numit arhiepiscop în 1215 și a ordonat construirea unei structuri gotice pentru a se compara cu Canterbury; construcția a început în 1220. Catedrala a fost declarată terminată și consacrată în 1472.
Reforma engleză a dus la nașterea primului arhiepiscop anglican. O parte din comorile catedralei au fost luate de Coroană, iar biserica a pierdut o parte din terenurile sale. Sub Elisabeta I a existat un efort de a elimina toate urmele Bisericii Romano-Catolice din catedrală; au fost distruse multe morminte, ferestre și altare. În timpul Războiului Civil Englez, orașul a fost asediat și a căzut în fața forțelor lui Cromwell în 1644, dar Thomas Fairfax a împiedicat orice alte daune la catedrală.