Începutul domniei
William a ales să fie încoronat de Crăciun. Acest lucru s-a datorat în parte faptului că a crezut că englezii ar fi mai puțin predispuși la revolte în această zi de mare sărbătoare. A fost, de asemenea, o alegere bună pentru că el credea că era voința lui Dumnezeu ca el să fie rege. Devenit rege, William a petrecut câteva luni în Anglia. Apoi s-a întors în Normandia, lăsând Anglia în mâinile a doi oameni capabili. Aceștia erau fratele său vitreg Odo, episcopul de Bayeux și William FitzOsbern. Odo a fost numit conte de Kent, în timp ce FitzOsbern a devenit conte de Hereford. Ceilalți trei conți englezi au fost lăsați pe loc. Când William a navigat înapoi în Normandia, alături de el se aflau mulți dintre adepții săi. Mulți dintre soldații săi care fuseseră plătiți și alții pe care dorea să îi urmărească. În special aceștia au fost arhiepiscopul englez Stigand și Edgar Atheling. De asemenea, i-a adus și pe cei trei conți englezi care îi mai rămăseseră, Edwin, Morcar și Waltheof. Aceasta pentru ca niciunul dintre ei să nu poată porni o revoltă cât timp el era plecat. William trebuia să se ocupe de îndatoririle sale acasă. De asemenea, mulți dintre soldații săi trebuiau să se întoarcă pentru a menține ducatului în siguranță.
Când William s-a întors la Londra, în decembrie 1067, a început să afle ce probleme apăruseră cât timp fusese plecat. Hertfordshire fusese atacat de către mercieni. Apoi, Exeter nu acceptase domnia noului rege. William a strâns bani din toate acele părți ale Angliei care voiau să plătească. De asemenea, a cerut taxe englezești. Exeter s-a predat după ce unul dintre ostaticii săi a fost orbit. După ce a supus Devon și Cornwall, totul părea liniștit. La Winchester, William a trimis după soția sa, Matilda, care a fost încoronată regină a Angliei acolo la Rusalii.
Până în vară au izbucnit mai multe rebeliuni. În același timp, alții fugeau din Anglia. Edgar Atheling, împreună cu mama și surorile sale, au plecat în Scoția, unde au fost bine primiți. În nord, în jurul York-ului s-au adunat grupuri puternice de antonescieni. Contele Edwin și fratele său Morcar au părăsit curtea lui William pentru a se alătura rebelilor din nord. William a construit apoi un castel la Warwick. Acest lucru i-a determinat pe conți și pe alții să cedeze în fața lui William. Au urmat alte castele. William a intrat apoi în York, unde alții au venit la el și s-au supus. Apoi a negociat cu regele Scoției pentru a preveni orice invazie a Angliei dinspre nord. Dar campania sa în nord nu a fost atât de eficientă pe cât credea. În 1069, o a doua revoltă s-a transformat într-un război. Oamenii pe care William îi lăsase la conducere fuseseră uciși. O mică forță normandă rezista în York când William a venit în ajutorul lor. După ce a construit un alt castel, William l-a lăsat pe contele William FitzOsbern la conducere. În următoarele cinci luni, nordul a fost liniștit. Dar liderii englezi din nord au trimis o vorbă regelui Swein din Danemarca, oferindu-i coroana dacă îi va învinge pe normanzi. Swein a trimis o flotă daneză în Anglia.
În vara anului 1069, flota daneză a apărut în largul coastei Kent. Aceasta s-a deplasat în susul coastei spre nord, făcând raiduri pe parcurs. William și armata sa se aflau în sud, păzind orice incursiune. În cele din urmă, flota s-a alăturat rebelilor englezi pe malul râului Humber. Toți conții englezi rămași l-au abandonat pe William și s-au alăturat forțelor combinate englezo-daneze. Aceștia s-au îndreptat împotriva garnizoanei normande din York și i-au ucis pe toți, cu excepția câtorva femei și copii. William Malet, un normand care trăise în Anglia înainte de 1066, a fost și el cruțat.
Harrying din nord
Armata nordică a lui William a fost anihilată, iar York era în ruine. În același timp, în Țara Galilor și în sud-vestul Angliei au izbucnit rebeliuni mai mici. William știa că are probleme. A început prin a-și chema toți comandanții și toate trupele pentru a-și combina forțele. Regele știa că, având o armată mai mică, trebuia să se ocupe de câte un grup de rebeli. I-a trimis pe William FitzOsbern și pe Brian de Bretania să se ocupe de Exeter. William însuși s-a luptat cu o armată care se deplasa dinspre est. În ambele cazuri, armatele normande au fost victorioase. Acum a trecut la armatele din nord care au distrus York. Dar nu a reușit să ajungă mai la nord de Pontefract. După ce a încercat timp de câteva săptămâni, William a mituit flota daneză să se retragă din York pentru iarnă. Aceștia au fost de acord și s-au întors la gura Humber pentru a ierna acolo. William a putut acum să se deplaseze până la York. A reconstruit castelele de acolo. Apoi și-a pus forțele să se împrăștie și să distrugă tot ce era util pentru ca armata engleză și daneză să se hrănească. Rezultatul a fost o foamete generalizată, iar locuitorii din zonă fie au plecat, fie au murit de foame. Aceasta a fost infama hărțuire a nordului de către William. Rezultatul a fost capitularea conților săi englezi și a majorității rebelilor din Anglia. Cele câteva grupuri rămase au fost rapid zdrobite de armata lui William. Dar un grup s-a dovedit mai încăpățânat. Acesta se afla la Chester și, după un marș forțat în timpul iernii, William i-a surprins înainte ca aceștia să fie pregătiți. După capitularea lor, el a mai construit două castele acolo, apoi s-a întors la Winchester.
Conducerea Angliei și a Normandiei
William nu a mai fost nevoit niciodată să distrugă un ținut așa cum a făcut-o cu Yorkshire. Se ocupase de principalele amenințări la adresa domniei sale, dar unele fuseseră rezolvate doar parțial. Flota daneză s-a întors în 1070, de data aceasta condusă de regele Swen. Aceștia s-au alăturat unui mic grup de rebeli de pe Insula Ely, condus de Hereward the Wake. Din nou, William i-a mituit pe danezi să plece și apoi s-a ocupat de rebeli. Nu s-a mai auzit niciodată de Hereward.
William trebuia acum să conducă atât Anglia, cât și Normandia. A constatat că trebuie să fie prezent pentru a ține lucrurile sub control. Atunci când se afla în Normandia, în Anglia izbucneau adesea probleme. Când se afla în Anglia, însă, Normandia era condusă de soția sa, Matilda. Dar Fulk Rechin, noul conte de Anjou, luase Maine de sub controlul lui William. William a fost nevoit să o ia înapoi în 1073.
În 1082, William l-a arestat pe fratele său vitreg, Odo, episcop de Bayeux și conte de Kent. Motivele sunt incerte, dar Odo încerca să strângă o armată pentru a mărșălui asupra Romei. Planul său era să devină următorul papă. William l-a judecat pe Insula Wight. Pe lângă alte infracțiuni a fost și aceea de a încerca să ridice o armată printre soldații lui William. După cum a subliniat William, aceștia erau necesari pentru apărarea Angliei. Odo a protestat că nici măcar un rege nu-l putea judeca. În calitate de episcop, doar Papa putea. William a replicat că nu a sechestrat un episcop, ci pe contele său pe care l-a lăsat la conducere în timpul absenței sale. Odo a fost întemnițat în Normandia pentru tot restul vieții sale.
În 1083, regina Matilda a murit și a fost înmormântată la Caen. Cele două fuseseră foarte apropiate și nu se contraziceau decât în privința fiului lor Robert Curthose. Robert s-a răzvrătit în mod repetat împotriva tatălui său, dar a păstrat legătura cu mama sa. Acest lucru a provocat o ruptură între ei. Lui Filip I al Franței i s-a părut dificil ca vasalul său să devină rege ca el însuși, așa că îl resimțea pe William. Nefiind suficient de puternic pentru a lupta el însuși împotriva lui William, când Robert Curthose s-a răzvrătit împotriva tatălui său, regele Filip l-a ajutat.
În vara anului 1085, William a aflat că Canute al IV-lea al Danemarcei pregătea o flotă pentru a porni împotriva Angliei. William s-a întors în Anglia în toamnă cu mulți soldați. A trebuit să îi plătească și să îi hrănească, cu costuri mari. Este posibil ca în acest moment să fi realizat că nu avea nicio evidență a ceea ce i se datora în calitate de rege. Nu știa dacă a colectat toate taxele care i se datorau.
Cartea Domesday
La curtea sa de Crăciun de la Gloucester, în 1085, William a cerut să se facă un mare sondaj în fiecare parte a Angliei. Regele dorea să știe câți oameni locuiau în [regatul său|[regat]]. A vrut să cunoască mărimea fiecărei proprietăți, cât valorează fiecare și cât de mult venit aducea. Un astfel de sondaj nu mai fusese făcut niciodată în Anglia. A fost unic prin detaliile sale și prin contribuția sa la istoria Angliei. Cartea Domesday Book a fost primul document public din Anglia.
Textul cărții se încadrează în două volume. Primul cuprindea treizeci și unu de județe. A fost numit "Marele Domesday" din cauza dimensiunii sale. Cel de-al doilea cuprindea comitatele Essex, Norfolk și Suffolk și a fost numit "Micul Domesday". Faptele au fost consemnate de mai multe comisii formate din episcopi și conți. Fiecare panou a colectat informații despre mai multe comitate. William a primit o colecție mare de înregistrări scrise la 1 august 1086. Aceasta a devenit Cartea Domesday, deși nu avea să fie legată în cărți decât peste aproape un secol.
Ultimii ani
William a murit când se afla în Rouen, Franța, din cauza rănilor pe care le-a primit după ce a căzut de pe un cal pe care îl deținea.