Berbecii din St. Louis
Sezonul 1999
Warner a fost fundaș de rezervă pentru St. Louis Rams în timpul sezonului regulat din 1998 și al presezonului din 1999. Când fundașul principal Trent Green s-a accidentat într-un meci din presezon, Warner a devenit titular. El a avut unul dintre cele mai bune sezoane ale unui fundaș din istoria NFL, aruncând pentru 4.353 de yarzi, cu 41 de pase de eseu și o rată de finalizare de 65,1%. Ofensiva foarte bună a celor de la Rams a fost supranumită "The Greatest Show on Turf". În primele trei meciuri în care a fost principalul fundaș care joacă, a aruncat trei pase de eseu în fiecare meci. Este singurul fundaș din istoria NFL care a reușit acest lucru și doar al doilea, după Dan Marino, care a reușit acest lucru în primele sale două meciuri în NFL.
Pentru că nu multă lume știa cine este Warner, Sports Illustrated l-a pus pe coperta din 18 octombrie 1999 cu titlul "Cine este tipul ăsta?". La sfârșitul sezonului, a fost numit MVP al NFL din 1999. În playoff-ul NFL, a condus echipa Rams la o victorie în Super Bowl XXXIV împotriva celor de la Tennessee Titans. A aruncat pentru două eseuri și un record de 414 yarzi de pase în Super Bowl. A stabilit, de asemenea, un record al Super Bowl-ului, aruncând 45 de pase fără nicio intercepție.
Imediat după victoria echipei Rams la Super Bowl, un intervievator l-a întrebat pe Warner: "Kurt, mai întâi de toate, povestește-mi despre ultima pasă de eseu pentru Isaac". El a răspuns: "Ei bine, în primul rând, trebuie să îi mulțumesc Domnului și Mântuitorului meu de sus - mulțumesc, Isus!" A fost desemnat MVP-ul Super Bowl-ului. Asta l-a făcut unul dintre cei doar șase jucători care au câștigat atât premiul MVP al ligii, cât și premiul MVP al Super Bowl în același an. Ceilalți sunt Bart Starr în 1966, Terry Bradshaw în 1978, Joe Montana în 1989, Emmitt Smith în 1993 și Steve Young în 1994.
Sezonul 2000
Warner a jucat bine și în sezonul 2000. Warner și Trent Green au jucat amândoi fundaș în acel sezon și amândoi au jucat bine. Dar Rams a pierdut în runda de wild card a playoff-ului în fața celor de la New Orleans Saints, mai ales pentru că apărarea lor nu a fost foarte bună, chiar dacă Warner și restul atacului lor au fost în continuare foarte buni. Nouă din cei unsprezece titulari ai apărării de la Rams au fost eliminați în intersezon, iar Green a fost vândut la Kansas City Chiefs.
Sezonul 2001
Warner a jucat foarte bine în sezonul 2001. El a avut 36 de pase de eseu și 4.830 de metri de pase, cu o rată de finalizare de 68,7% din pasele sale, cea mai mare din carieră. El a condus echipa Rams la cel mai bun rezultat din NFL, 14-2, și a ajuns la Super Bowl XXXVI, dar a pierdut în fața celor de la New England Patriots. A fost numit MVP al NFL pentru a doua oară la sfârșitul sezonului.
Sezoanele 2002 și 2003
Warner a început sezonul cu 0-3 ca titular, aruncând șapte intercepții și un singur eseu. În cel de-al patrulea meci, împotriva celor de la Dallas Cowboys, și-a rupt un deget de la mâna cu care arunca. Chiar dacă a încercat să revină mai târziu în sezon, accidentarea l-a făcut să mai poată juca încă două meciuri, pe care le-a pierdut pe ambele. În contrast cu ratingul de 103,4 al carierei sale de pasator înainte de acel sezon, în 2002 a avut doar 67,4 rating. A fost înlocuit ca fundaș principal al lui Rams după ce a pierdut de șase ori mingea în debutul sezonului 2003, împotriva lui New York Giants. Înlocuitorul său ca fundaș al Rams, Marc Bulger, a fost numit în două Pro Bowls.
New York Giants
Rams l-a eliberat pe Warner la 1 iunie 2004. Doar două zile mai târziu, a semnat un contract pe doi ani cu New York Giants. A început sezonul 2004 ca fundaș principal. A câștigat cinci din primele șapte meciuri, dar după ce nu a jucat bine într-o serie de două meciuri pierdute, fundașul debutant Eli Manning a fost numit fundaș principal. Antrenorul echipei Giants, Tom Coughlin, a declarat ulterior că nu ar fi trebuit să-l facă niciodată să joace pe Warner și că ar fi trebuit să-l joace pe Manning de la început pentru a-i oferi lui Manning experiența de care are nevoie pentru a-și construi încrederea. Giants avea un record de 5-4 victorii și pierderi în momentul în care Manning a început să joace și a terminat cu 6-10 la general (având doar 1-6 sub Manning).
Arizona Cardinals
Sezonul 2005
La începutul anului 2005, Warner a semnat un contract de un an și 4 milioane de dolari cu Arizona Cardinals. În scurt timp a fost numit fundaș principal de către antrenorul Dennis Green. A jucat prost în trei meciuri înainte de a se accidenta la inghinali. A fost apoi înlocuit de fostul titular Josh McCown. McCown a jucat suficient de bine în două meciuri în timpul accidentării lui Warner pentru ca antrenorul Green să-l numească pe McCown titular pentru restul sezonului.
Întrucât Warner era fundaș de rezervă, mulți oameni au crezut că nu va mai fi niciodată fundaș principal. Dar pentru că McCown a jucat prost în două meciuri consecutive, antrenorul Green l-a făcut pe Warner fundaș principal. Acesta a jucat bine în următoarele trei săptămâni, dar sezonul său s-a încheiat în săptămâna 15, când și-a rupt parțial ligamentul femural multiplu.
Sezonul 2006
Warner a semnat un nou contract pe trei ani cu Cardinals la 14 februarie 2006. Contractul avea un salariu de bază de 18 milioane de dolari, dar, dacă juca bine, putea primi până la 22 de milioane de dolari în cei trei ani.
În săptămâna 3 a sezonului 2006, Warner a depășit pragul de 20.000 de pase în cel de-al 76-lea meci al său. A fost cu un meci mai mult decât deținătorul recordului, Dan Marino, dar Warner a reușit acest lucru în cel de-al 9-lea an, în timp ce Marino a făcut-o în cel de-al 5-lea. După ce Matt Leinart a jucat slab în cele trei meciuri din săptămânile 2-4, Warner l-a înlocuit pe debutantul Leinart în al patrulea sfert al săptămânii 4. În Săptămâna 16, Leinart s-a accidentat la umăr împotriva celor de la San Francisco 49ers, astfel că Warner a putut juca pentru prima dată din Săptămâna 4. El s-a descurcat bine în acel meci, iar Cardinals a câștigat meciul.
Sezonul 2007
În cel de-al treilea meci al sezonului 2007, împotriva celor de la Baltimore Ravens, Warner a ieșit de pe bancă deoarece Leinart nu juca din nou bine. El a condus o revenire, reușind 15 pase din 20 de încercări pentru 258 de metri și 2 eseuri. Acest lucru i-a adus la egalitate (23-23), dar după ce Ravens a reușit un field goal în ultima secundă, Arizona a pierdut meciul cu 26-23. Pe 30 septembrie 2007, în timpul meciului din săptămâna 4 împotriva lui Pittsburgh Steelers, a intrat în locul lui Leinart, deoarece acesta nu juca bine din nou. Leinart a fost plasat ulterior în rezervă pentru accidentări, astfel că Warner a fost numit titular pentru restul sezonului 2007.
Warner a obținut 27 de eseuri în sezonul 2007, cu doar unul mai puțin decât recordul francizei Cardinals. Pentru că a jucat bine, a primit un bonus de 1 milion de dolari pentru acel an. Cei 3.417 metri de pase, 27 de pase de eseu și 89,8 puncte de trecere au fost cele mai bune rezultate ale sale din sezonul 2001.
Sezonul 2008/playoff
Matt Leinart a fost numit titular la Cardinals în intersezon pentru 2008, dar Ken Whisenhunt a declarat că se poate întâmpla ca Warner să devină titularul lui Cardinals înainte de începerea sezonului. Warner a fost numit titular pe 30 august 2008. În acel sezon, Warner a avut un sezon foarte bun, iar pe 16 decembrie 2008 a fost numit fundaș titular al echipei NFC în Pro Bowl 2009. Warner și Cardinals au câștigat toate cele trei meciuri din playoff, dar au pierdut în Super Bowl în fața celor de la Pittsburgh Steelers. Astfel, recordul lui Warner în Super Bowl este de 1-2. James Dobson, titularul Focus on the Family, l-a susținut pe Warner și chiar a reluat un clip radiofonic cu Warner și soția sa la 30 ianuarie 2009.