Contractantul principal a fost Samsung C&T din Coreea de Sud. Aceștia au construit, de asemenea, turnurile Taipei 101 și Petronas Twin Towers. Alți antreprenori care au contribuit la construcție au fost grupul belgian Besix și Arabtec din Emiratele Arabe Unite. Compania Turner Construction Company a fost aleasă ca manager al proiectului de construcție.
Arhitectului proiectant, Adrian Smith, nu i-a plăcut primul proiect al părții superioare a clădirii. Acesta a adăugat 27 de etaje noi și o turlă de aluminiu în partea superioară a planurilor. Designul lui Burj Khalifa s-a bazat pe cele folosite în arhitectura islamică. Se spune că Burj Khalifa a mai avut mai multe alte creșteri planificate ale înălțimii de când a fost construit. Acest lucru nu s-a dovedit a fi adevărat încă. Stâlpul de comunicații TV/radio a fost adăugat la planurile turnului în 2007. Acest lucru s-a întâmplat după ce lucrările de construcție au început în 2006. Există etaje de refugiu presurizate, cu aer condiționat, cam la fiecare 35 de etaje. Acestea au fost introduse în turn în caz de urgență sau de incendiu.
Problemele neobișnuite de proiectare și inginerie legate de construirea Burj Khalifa au fost prezentate în numeroase documentare de televiziune. Printre acestea se numără seria Big, Bigger, Biggest (Mare, mai mare, mai mare) de pe canalele National Geographic și Five, precum și seria Mega Builders (Mega constructori) de pe Discovery Channel.
Cel mai important material de construcție al Burj Khalifa este betonul armat. A fost nevoie de un beton special din cauza presiunilor ridicate ale greutății clădirii și a temperaturilor ridicate din zona Golfului Persic, care pot atinge 50 °C (122 °F). Orice fisură majoră ar fi putut provoca daune mari clădirii.
Fundația clădirii are o adâncime de 15 metri (49 de picioare). A fost construită cu 192 de coloane care au fost înfipte în pământ. Fiecare coloană avea un diametru de 1,5 metri (4 picioare și 11 inci) și o lungime de 43 de metri (141 de picioare). La construcția turnului au fost folosite 55.000 de tone (121.000.000.000 de lire sterline) de armătură de oțel. Construcția acestuia a necesitat 22 de milioane de ore de muncă. La fundațiile lui Burj Khalifa a fost folosit un beton de înaltă densitate și cu permeabilitate redusă. Un sistem de protecție catodică este utilizat pentru a diminua orice efecte negative cauzate de substanțele chimice corozive din apa subterană locală.
Fântâna din Dubai
În afara turnului a fost construit un sistem de fântâni. Acesta a fost proiectat de WET Design din California. Aceștia au construit și planificat fântânile de la Bellagio Hotel Lake din Las Vegas. Fântâna a costat 800 de milioane de EAUd. Este luminată de 6.600 de lumini și 50 de proiectoare colorate. Fântâna are o lungime de 84 de metri (275 de picioare). Ea aruncă apă la 46 de metri (150 de picioare) în aer, în sunetul muzicii clasice și moderne arabe și mondiale. La 26 octombrie 2008, fântâna a fost numită Fântâna din Dubai.
Întârzieri și lucrări de construcție întârziate
La 9 iunie 2008, Emaar Properties a declarat că lucrările de construcție a Burj Khalifa au fost încetinite din cauza unor modificări la finisaje. Un oficial Emaar a declarat că finisajele de lux care au fost decise în 2004, când turnul a fost planificat pentru prima dată, au fost înlocuite cu finisaje mai bune. De asemenea, designul apartamentelor a fost îmbunătățit. Acest lucru a fost făcut pentru a le face atât să arate mai bine, cât și să funcționeze mai bine. Au existat probleme cu decorațiunile din marmură, cu podelele, cu sistemul de canalizare de la etajele superioare, cu geamurile sparte și cu o pictură murală de perete a sultanului din Oman, realizată prost. A fost stabilită o nouă dată de încheiere, 2 decembrie 2009. Burj Khalifa a fost inaugurat la 4 ianuarie 2010.
Conflicte de muncă și greve.
Burj Khalifa a fost construit în principal de persoane din Asia de Sud. Rapoartele de presă au declarat în 2006 că tâmplarii calificați de pe șantier câștigau 4,34 lire sterline pe zi, iar muncitorii câștigau 2,84 lire sterline. Potrivit unei anchete BBC și a unui raport al Human Rights Watch, muncitorii trăiau în condiții foarte proaste. De multe ori nu erau plătiți pentru munca depusă. Pașapoartele le erau luate de către angajatorii lor. S-a spus că aceștia lucrau în condiții periculoase care au provocat un număr mare de decese și răniri. Companiile care nu plătesc muncitorii au fost raportate autorităților de mai multe ori.
La 21 martie 2006, aproximativ 2 500 de lucrători au protestat. Aceștia erau supărați din cauza autobuzelor care întârziau la sfârșitul turelor lor. Au deteriorat mașini, birouri, calculatoare și echipamente de construcție. Un oficial al Ministerului de Interne din Dubai a declarat că au provocat pagube de aproape 500.000 de lire sterline. Majoritatea muncitorilor care au luat parte la revoltă s-au întors a doua zi, dar nu au vrut să lucreze.