La 24 iulie 1844, după independența Dominicană, guvernul a creat cinci departamente (un alt nume pentru provincie); unul dintre aceste departamente era Departamentul El Seibo, cu municipalitățile El Seibo, Hato Mayor, Higüey și Samaná. Prima constituție dominicană a păstrat această împărțire, dar ca provincii în loc de departamente.
Provincia inițială cuprindea toată partea de est a insulei Hispaniola, inclusiv peninsula Samaná. Dar, în curând, provincia a fost redusă pentru a se crea noi provincii. Primele două provincii noi realizate cu terenuri din provincia El Seibo au fost Samaná, în 1865, și San Pedro de Macorís, în 1882.
În 1961, vechea provincie La Altagracia, care mai târziu a fost împărțită în provinciile La Altagracia și La Romana, a fost transformată în provincia El Seibo. Ultima provincie care a fost creată cu o parte din El Seibo a fost Hato Mayor, în 1984.
Oamenii din această provincie au participat la războiul împotriva Haiti în timpul Războiului de Independență; liderul a fost Pedro Santana, care avea o fermă în apropiere de orașul El Seibo și care a devenit primul președinte al țării.
Înainte de asta, oamenii din El Seibo au luptat împotriva armatei franceze. Cea mai importantă bătălie a fost bătălia de la Palo Hincado, câștigată de dominicani la 7 noiembrie 1808, într-o savană (Palo Hincado Savanna) chiar la est de Santa Cruz del Seibo. În curând, francezii au fost nevoiți să părăsească țara și întreaga insulă; pierduseră și Haiti.
Districtele municipale ale provinciei au fost create în:
- 1997 : Pedro Sánchez
- 2001 : El Cedro
- 2005 : La Gina
- 2006 : San Francisco-Vicentillo și Santa Lucía