Arheologii cred că această specie a supraviețuit pe Flores cel puțin până acum 12.000 de ani. Acest lucru îl face să fie cel mai longeviv om nemodern. De asemenea, a trăit mai mult decât neanderthalienii (H. neanderthalensis), care au dispărut în urmă cu aproximativ 24.000 de ani.
Din cauza unei strâmtori adânci învecinate, Flores a rămas izolată în timpul ultimei ere glaciare. Din acest motiv, descoperitorii lui H. floresiensis cred că specia, sau strămoșii săi, trebuie să fi ajuns pe insula izolată prin transport pe apă în urmă cu aproximativ 100.000 de ani (sau, dacă este vorba de H. erectus, atunci în urmă cu aproximativ 1 milion de ani).
Geologia locală sugerează că o erupție vulcanică pe Flores, în urmă cu aproximativ 12.000 de ani, a fost responsabilă pentru dispariția lui H. floresiensis și a animalelor care au trăit pe insulă. Elefantul Stegodon a dispărut, de asemenea, în această perioadă.
Povești de supraviețuire ulterioară
Există povești locale conform cărora pe insulă ar fi trăit o rasă mică de oameni. Ebu Gogo erau locuitori ai peșterilor, mici, păroși și cu o limbă slabă. Se spune că se aflau acolo în momentul sosirii primelor nave portugheze în secolul al XVI-lea. Se pretinde că aceste creaturi ar fi existat încă de la sfârșitul secolului al XIX-lea. Gerd van den Bergh, un paleontolog care lucrează cu fosilele, a raportat că a auzit de Ebu Gogo cu zece ani înainte de descoperirea fosilelor. Pe insula Sumatra, aflată în apropiere, există rapoarte despre un umanoid înalt de 1-1,5 m, Orang Pendek, care ar putea fi înrudit cu H. floresiensis.