În total, 1,24 milioane de persoane au fost nevoite să se mute în diferite locuri, deoarece casele lor au fost inundate de baraj. Acest număr reprezintă aproximativ 1,5% din populația totală a provinciei Hubei (60,3 milioane) și a orașului Chongqing (31,44 milioane), unde se află barajul. 140.000 numai din provincia Hubei. La 22 iulie 2008, majoritatea persoanelor au fost relocate în siguranță. Alte 4 milioane de persoane vor trebui în cele din urmă să se mute în Chongqing de la casele lor din apropierea barajului celor Trei Defileuri.
Habitatele faunei sălbatice și siturile istorice
De asemenea, a fost distrusă o mare parte din habitatul animalelor. Multe animale cu populații foarte scăzute și-au pierdut habitatul vital. Printre acestea se numără cocorul siberian, pe cale de dispariție, delfinul de râu Yangtze (baiji) și sturionul Yangtze. Aproximativ un miliard de tone de apă murdară se varsă în râul Yangtze în fiecare an. Barajul a împiedicat ca această apă murdară să fie spălată spre Shanghai și a dus la probleme grave de poluare.
Aproximativ 1.300 de situri istorice au fost inundate de rezervorul celor Trei Defileuri. Multe dintre aceste situri istorice au fost mutate în locuri mai sigure. Unele situri istorice nu pot fi mutate din cauza locației, dimensiunilor sau designului lor.
Barajul celor Trei Defileuri va deveni mult mai puțin spectaculos, deoarece nivelul apei va crește până la 91 m în unele locuri, reducând adâncimea canionului.
Probleme legate de sedimente
O mare cantitate de nămol (sedimente) care este transportată de râu a fost reținută în rezervor. În cele din urmă, dacă barajul nu va fi îndepărtat, rezervorul se va umple cu nămol, făcându-l inutilizabil. De asemenea, deoarece nămolul din râu nu mai merge în aval, orașul Shanghai va avea de suferit, deoarece nu a existat nămol pentru a înlocui terenul care a fost spălat la gura de vărsare a râului. Într-un râu cu un conținut ridicat de nămol, cum este Yangtze, sedimentele pot bloca gurile de ieșire ale barajului, iar acesta nu poate elibera apa. Apa ar refula în spatele barajului și nu ar avea unde să se ducă, iar în cele din urmă ar trece peste baraj, făcându-l să se prăbușească.
Alte pericole
Barajul este, de asemenea, o posibilă țintă în caz de război, slăbind securitatea națională a Chinei. De asemenea, este posibil ca barajul să se afle pe o falie seismică.